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如何挑选推断系统进化的形态性状 ——形态性状的定义及挑选的四个基本规范
How to select morphological characters for inferring systematic phylogeny – The definition of morphological character and the four basic precepts of selection
Author:  刘思培date: 09/16/2021, view: 2656, Q&A: 0
在生物学领域，根据不同的目的如推断系统进化、建立分类检索表、区分生态群落等挑选性状，往往容易引起混乱。 用于推断系统进化的性状与用于物种分类的性状的属性差别 用于推断系统进化的性状和用于物种分类的性状最容易被混淆。 建立系统进化树，即性状分析过程，是使用最大简约法、最大似然法等理论模型再次推断系统进化同源性的过程，且最终推断的系统进化树需要得到最大数量初级同源的支持 (Harris and Mishler, 2009 由于分类学和系统进化形成统一的体系，一部分用于分类的性状和一部分用于
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4335, Q&A: 0
... 注：确切地说是分支生物地理学（cladistic biogeography），但由于生态生物地理学（ecological biogeography）越来越多地用生态地理学（ecography）一词表述， et al., 2019）和在分歧时间推断中的应用，是分子系统学发展的一大亮点，大大提高了不同分歧时间推断研究结果之间的一致性。 以具有悠久历史、近年来快速发展的生物地理学为例，之所以受到广泛重视，其主要原因在于相关研究既可以揭示基因型和/或表型的分化与地理因素之间的关联，又可以经由地理角度与相关生态
Marker Genes (16S and ITS) Protocol for Plant Microbiome Analyses
植物微生物组分析的标记基因（16S 和 ITS）实验方法
Author:  Geoff Zahndate: 04/20/2022, view: 1505, Q&A: 0
... 问题的有用方法，并且需要高度复制才能进行统计推断。测序中心通常会返回解复用的数据，其中每个样本都在自己的文件中。就在此时，研究人员突然意识到他们不知道如何处理所有这些文件。 ... DADA2：来自 Illumina 扩增子数据的高分辨率样本推断。 国家方法13（7）：581-583。10.
群落构建过程的定量指标——扩散-生态位连续体指数
Dispersal-niche Continuum Index: A Quantitative Metric of Community Assembly Processes
Authors:  孟凡凡Annika Vilmi, Corentin Gibert, 王建军 and date: 04/29/2021, view: 8755, Q&A: 0
null model)分析框架，通过将观察到的物种类群划分为不同的bin，根据单个bin在群落或样本间的周转情况，并结合bin的相对多度，定量推断群落水平的构建过程。 生态位理论和中性理论是目前较为成熟的两种群落构建理论，分别代表了群落构建中的确定性过程(如生态位分化等)和随机性过程(如扩散作用等)。 ”共同驱动)；(3)在保持样点的物种丰富度(即行总和)不变的基础上进行随机置换，以保留样点的潜在生态位数量信息(模拟“生态位分化”驱动)。 具体而言，DNCI指数的正或负分别表示生态位分化
原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法
Calculation Method for Stochastic and Deterministic Assembly Processes of Prokaryotic Communities
Authors:  赵维王兴彪, 侍浏洋, 朱婉瑜, 马磊, 王敬敬, 徐松, 杨榕, 张小霞, 韩一凡, 黄志勇 and date: 03/25/2021, view: 8588, Q&A: 0
... 2.4βNTI/βNRI 为了推断出对特定群落装配之间观察到的周转率起主要作用的生态因素，鉴于随机性生态过程的主导地位，使用零模型方法生成一个预期水平的βMNTD (βMPD)。 运行零模型主要是为了解，在随机状况下，物种系统发育关系的统计分布，从而推断真实的群落内物种的系统发育关系是否随机，以便了解环境过滤或者随机过程的相对重要性。 对于生态零模型，Gotelli指出“它是基于生态数据的随机化或者基于已知分布、设想分布的随机样本基础上的格局生成模型。 关于使用零模
Likelihood Estimation of Arabidopsis Population Parameters with MAPGD
基于MAPGD的拟南芥群体参数的似然估计
Authors:  Yue HaoMatthew S. Ackerman, Michael Lynch and date: 08/20/2023, view: 274, Q&A: 0
... 从汇总测序数据进行群体遗传推断。 基因组。生物。进化。 6（5）：1210 – 1218。Lynch, M.、Gutenkunst, R.、Ackerman, M.、Spitze, K.、Ye, Z. 关于人类肠道微生物组遗传多样性的宏观生态学视角。 生物Rxiv ：e4874341001 基因组联盟。 （2016）。 1,135 个基因组揭示了拟南芥的整体多态性模式。 生态。资源。 21（4）：1216 – 1229。Jeffries, DL、Mee, J. 和 Peichel, CL (2022)。