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Extraction of Orthologs from Genome-Sequencing Data for Phylogenetic Analysis
从基因组测序数据中提取直系同源基因用于系统发育分析
Authors:  Guan PangFeng M. Cai and date: 06/05/2024, view: 514, Q&A: 0
... 背景随着进化理论和测序技术的巨大进步，系统发育分析正在进入一个新时代——系统发育基因组学。目前的系统发育基因组学推断方法通常可分为两类：超树和超矩阵方法 [1–3]。 ... PartitionFinder：用于系统发育分析的分区方案和替换模型的组合选择。Mol Biol Evol。29 (6): 1695–1701。 请注意，如果随后需要进行系统发育分析的分区树重建（第 C 节），则需要在每个 FASTA 序列的开头添加 [Speciesid
PhyloSuite 在多基因系统发育分析中的应用
Application of PhyloSuite to Phylogenetic Analysis Using Concatenated Sequences
Authors:  张东李文祥, 高芳銮, 王桂堂 and date: 09/23/2021, view: 5846, Q&A: 0
研究背景系统发育分析是系统生物学研究中一项常见的分析内容，在揭示不同生物类群（物种）间的进化关系中起着重要的作用。 ，可以联合上下游分析软件，自动整理输入和输出文件，大大降低了多基因系统发育分析的门槛。 多基因联合系统发育分析流程主要包括数据获取、基因提取、多重序列比对、比对序列裁切、多基因序列串联 (concatenation)、最适分区策略及模型选择、系统发育树构建等步骤，分析过程需要用到多款不同软件 目前，基于
影响系统发育分析的昆虫共生菌Wolbachia筛查及分型方法
Screening and Typing of Symbiotic Wolbachia that Affects Insect Phylogenetic Analysis
Authors:  赵紫苗方洁, 沈利, 蒋韦斌 and date: 06/11/2021, view: 2780, Q&A: 0
据统计学分析，Wolbachia能感染全球约2/3的昆虫物种，是昆虫中分布最广泛的共生菌 (Hilgenboecker et al., 2008)。 孔弄蝶属（加粗字体）与其他昆虫物种Wolbachia菌wsp基因和MLST基因序列共同构建的ML系统发育树。 ，即Wolbachia依赖自身的选择优势在寄主种群内迅速扩散，与其相关联的mtDNA类型在种群中的比例也随之扩大，降低了寄主种群mtDNA多态性水平，从而干扰了mtDNA作为分子标记研究种群遗传结构的分析结果 序列比对 以宿主昆虫孔弄蝶为例，将测序获得的Wolbachia菌wsp基因、
AFLP基因组捕获技术: 一种通用的低阶元的系统发育分析方法
AFLP Genome Capture Technique: A General Method for Shallow Scale Phylogenetic Analysis
Authors:  李佳璇梁丹, 张鹏 and date: 02/10/2021, view: 3383, Q&A: 0
结果与分析AFLP基因组捕获技术可以产生匿名基因序列数据和SNP数据。其中，匿名基因序列数据可以用于属内种间水平上的系统发育分析，而SNP数据可以用于种群水平上的系统地理学分析。 本文将重点介绍从AFLP捕获数据中获取匿名基因序列数据的生物信息学分析流程，其主要流程可概括为: 数据分选与组装，直系同源序列的鉴定与提取，序列比对，数据质量控制以及系统发育分析。 其中有一些OG的长度大于5000 bp，这证明了该方法不仅可以捕获目标区域，还可以捕获目标区域两侧的侧翼序列 (