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基于BIOLOG的微生物群落碳代谢功能分析
Analysis of Microbial Community Carbon Metabolism Function Based on BIOLOG
Authors:  陈瑞蕊俞冰倩, 张建伟, 林先贵, 冯有智 and date: 01/25/2021, view: 8589, Q&A: 0
农药污染对土壤微生物群落功能多样性的影响. Simpson指数D，用于评估微生物群落功能优势度的指数(Anne E.Magurran, 2011) 当群落为无穷大群落时，计算公式如下：其中Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率。 Shannon指数H’，用于评估微生物群落功能的丰富度其中Pi为第i孔的相对吸光值与整个平板相对吸光值总和的比率。 近地层臭氧浓度升高 (O3-FACE)对麦田土壤微生物群落功能
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9935, Q&A: 0
... Tax4Fun2是用于从16S rRNA序列预测原核生物群落功能谱和功能基因冗余的R包，但也可以用于真核生物的合并。默认的参考数据集包括275个古菌基因组和12,002个细菌基因组。 为了研究微生物群落是否包含了功能上的冗余成员以及程度如何，Tax4Fun2针对单个功能通路引入了功能冗余指数 (functional redundancy index, FRI)的概念，使之在面对多变环境时保持生态系统的相对稳定 FAPROTAX可以同时通过SILVA或Greeng
利用GeoChip分析环境微生物功能基因群落结构
Analysis of Microbial Functional Gene Community Structure in Environmental Samples by GeoChip
Authors:  郭雪杨云锋 and date: 06/01/2021, view: 3163, Q&A: 0
功能基因芯片 (GeoChip) 在两种典型环境微生物群落分析中应用 的研究. 博士学位论文.
根系分泌物调控土壤微生物群落结构和功能的研究方法
Effects of Root Exudates on Mediating Composition and Function of Soil Microbiome
Authors:  杨天杰王震, 谷益安, 韦中 and date: 03/25/2021, view: 6300, Q&A: 0
材料与试剂一、 耗材一次性培养皿 (江苏康健医疗用品，90 mm)八连管 (Life Technologies Corporation, catalog number: 4316567)量筒 (南京梅林学海生物科技有限公司，catalog number: 1601)移液枪枪头 (国产-耗材，catalog number: JWD-MTB1250-5)离心管 (康健医疗，catalog number: KJ307)玻璃棒 (上海阿拉丁生化科技股份有限公司，catalog number: g6034-05-40ea)育苗盘 (54 cm × 28 cm × 4 cm，济阳县帝悦明商贸有限公司)盆钵
Visualizing, Binning, and Refining of Metagenome-assembled Genomes (MAGs) with Anvi’o
利用Anvi'o对元基因组组装的基因组（MAG）进行可视化、分档和提炼
Authors:  Soumyadev SarkarTanner Richie, Sonny T. M. Lee and date: 05/20/2023, view: 738, Q&A: 0
... 背景鸟枪法宏基因组学是研究微生物群落、多样性和功能潜力的流行方法（Handelsman等人， 1998 年；Sogin等人， 2006年） 。 ... 通过从环境中重建微生物基因组来构建群落结构和代谢。 自然428(6978)：37-43。 这个Anvi'o数据库保留了与重叠群相关的所有信息：每个重叠群的 k-
谱系分析在群落生态学中的应用
The Application of Phylogenetic Methods in Community Ecology
Authors:  赵郁豪曾頔, 斯幸峰 and date: 10/28/2021, view: 13251, Q&A: 0
SES值小于0表示群落内物种比预期的亲缘 (或功能) 关系更紧密，即群落聚集 (community clustering)；相反地，SES值大于0表示群落内的物种比预期的亲缘 (或功能) 关系更远，即群落发散 (result_mpd$mpd.obs-result_mpd$mpd.rand.mean)/result_mpd$mpd.rand.sd同样的，我们将谱系树更换为功能树，可以计算功能群落结构:#功能群落