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基于不等长序列估算单倍型多样性方法的教程
A Tutorial For the Method of Estimating Haplotype Diversity From Sequences With Unequal Lengths
Authors:
范平
宋刚
,
雷富民
and
date:
09/23/2021,
view:
2512,
Q&A:
0
这为大数据时代挖掘DNA序列数据中的
遗传
多样性
信息带来了重大挑战,因为按传统的算法进行
遗传
多样性
的评估需要对序列进行切齐并仅保留共有区域,这便造成了大量信息位点的丢失。 值得一提的是,作为
遗传
多样性
的衡量指标,与核苷酸
多样性
相比,单倍型
多样性
在处理不同长度的DNA序列数据中具有较高的精确度和稳定性 (详细结果请参阅Fan et al., 2021),为大数据背景下精确量化
遗传
多样性
供了可能 ,这对于全面了解
遗传
影响系统发育分析的昆虫共生菌
Wolbachia
筛查及分型方法
Screening and Typing of Symbiotic
Wolbachia
that Affects Insect Phylogenetic Analysis
Authors:
赵紫苗
方洁
,
沈利
,
蒋韦斌
and
date:
06/11/2021,
view:
2825,
Q&A:
0
... 然而,采用mtDNA对一些昆虫进行相关调查的结果却不能正确反映其
遗传
多样性
和物种分类等信息。 在细胞中,Wolbachia 和寄主mtDNA都以母系
遗传
方式传递给后代,Wolbachia能在种群和物种的水平上影响寄主mtDNA的
遗传
多样性
(Whitworth et al., 2007)。 研究背景线粒体DNA (Mitochondrial DNA, mtDNA) 是动物体内唯一存在于核外的
遗传
信息载体,共价闭合的环状分子,结构简单,进化速率快,母系
遗传
(但有少
Likelihood-based Modeling of Brassiceae Ancient Whole-genome Triplication with POInT
利用 POInT 建立基于似然法的十字花科古全基因组三聚体模型
Authors:
Yue Hao
Gavin C. Conant
and
date:
08/20/2023,
view:
268,
Q&A:
0
... 背景古代多倍体事件在开花植物的进化史上普遍存在(千植物转录组计划,2019),并促成了当今物种复杂性的
多样性
(van de Peer 等,2009 ) 。 ... 来自古代多倍体的基因具有较高的
遗传
多样性
,并与白菜的驯化有关。 新植醇。 230(1):372-386。Schoonmaker, A.、Hao,
Likelihood Estimation of
Arabidopsis
Population Parameters with MAPGD
基于MAPGD的拟南芥群体参数的似然估计
Authors:
Yue Hao
Matthew S. Ackerman
,
Michael Lynch
and
date:
08/20/2023,
view:
362,
Q&A:
0
... 关于人类肠道微生物组
遗传
多样性
的宏观生态学视角。 生物Rxiv :e4874341001 基因组联盟。 (2016)。 1,135 个基因组揭示了拟南芥的整体多态性模式。
遗传
学53(8): 474–485 。
遗传
学197(4):1303 – 1313。Maruki, T. 和 Lynch, M. (2015)。高通量测序数据的基因型频率估计。
遗传
学201(2):473 – 486。Maruki, T. 水蚤雄性生产的
遗传
控制。 过程。国家。阿卡德。科学。美国116(31):