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混合分子标记扩增子高通量测序方案
A Mixed Molecular Marker Amplicon Sequencing Scheme Based on High Throughput Sequencing Platform
Authors:
李佳璇
张圆
,
梁丹
,
张鹏
and
date:
01/25/2021,
view:
5204,
Q&A:
0
,实现混合分子标记扩增子的
高通量
测序
,其工作流程图如图1所示。 六、 文库构建和
高通量
测序
(参考图1步骤5) 使用
高通量
文库构建试剂盒 (如: NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit) 对割胶产物进行文库构建 (具体方法参阅产品说明书 混合PCR产物
高通量
测序
方案的实验流程图 一、 对所选分子标记进行PCR扩增 在大规模扩增分子标记之前,建议开展一个预实验,随机挑选2-3个样本和5-10种分子标记分别进行PCR扩增,目的是确保PCR反应体
土壤线虫群落DNA提取、扩增及高通量测序
DNA Extraction, Amplification and High-throughput Sequencing of Soil Nematode Community
Authors:
杜晓芳
梁文举
,
李琪
and
date:
06/17/2021,
view:
6391,
Q&A:
0
,为利用
高通量
测序
技术开展土壤线虫群落研究提供了技术参考。 线虫
高通量
测序
数据的处理可根据需求灵活分析,也可使用Usearch软件对原始
测序
序列进行质控,聚类,生成OTU表。 基于
高通量
测序
不同提取方法线虫
测序
深度比较 注意事项针对不同的土壤选择合适的土壤线虫提取方法是提取线虫DNA的关键步骤,在保证线虫富集效率的同时还要保证线虫悬液样本的清晰,土壤线虫提取方法的选择可参考张晓珂等 7)提取的线虫DNA储存在-80 °C冰箱用于后续
基于高通量测序的全长DNA条形码获取方法
Methods for Obtaining Full-length DNA Barcodes Using High-throughput Sequencing
Authors:
杨琛涛
周程冉
,
刘山林
,
周欣
and
date:
08/25/2021,
view:
5249,
Q&A:
0
实验步骤本实验流程包含了三种
高通量
条形码获取的流程,三种方法的
测序
前实验环节方法一致 (对应步骤1至3),
测序
文库构建、
测序
及分析环节有差异。 ;利用
高通量
测序
技术来分析复杂的环境样品 (如混合样品、环境DNA (eDNA)、无脊椎动物来源的DNA (iDNA) 等)。
高通量
测序
技术选择与
测序
得到PCR产物之后,可以根据选择的方法对
测序
平台进行选择,然后进行相应的标准文库的构建和
测序
。3.1HIF
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:
付伟
武慧
,
陈保冬
and
date:
04/22/2021,
view:
6443,
Q&A:
0
PCR产物经纯化、混样 (等摩尔浓度)、建库后,使用Illumina MiSeq PE300进行双端
测序
,
测序
深度建议大于10,000条reads。扩增与
测序
也可交由
测序
服务商进行。 只能使用PacBio三代
测序
平台,成本较高,数据分析要求较高。 传统的
测序
区域。此区域较长仅能使用454和PacBio,但区分度远不及Cf/Br。 扩增与
测序
使用两步PCR法对目的片段进行扩增 (Egan et al., 2018; Lekberg et al., 2018)。 结合以上