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基于16S rRNA基因和基因组序列对细菌物种的初步鉴定
Preliminary Identification of Bacterial Species Based on 16S rRNA Gene and Genomic Sequence
Authors:  刘庆辛玉华, 东秀珠 and date: 04/22/2021, view: 8544, Q&A: 1
16S rRNA基因序列测定 将16S rRNA基因扩增产物送至测序公司测序。 Kim et al. (2014) 通过对数千个基因组和16S rRNA基因序列的统计分析发现，当两菌株16S rRNA基因序列之间相似性低于 ≈ 98.65%时，可判断它们归属于不同的种；而高于 ≈ 16S rRNA基因序列本地化
水稻根系微生物组研究中的样本种植、取样和16S rRNA 基因扩增子文库制备方法
Planting, Sample Collection and Library Preparation of 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing for Rice Root Microbiomes
Authors:  徐浩然张婧赢, 郭晓璇, 曲宝原, 刘永鑫, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 4551, Q&A: 1
图 3. 16S rRNA基因两步扩增所用引物的结构 第一轮PCR扩增。 四、两步法扩增样品16S rRNA基因 注：以下实验应在超净台内完成。 引物设计及稀释。 两步法扩增16S rRNA基因使用两对引物逐步添加用以区分同一文库中不同样本的标签 (Barcode) 序列、用以区分不同文库的索引 (index) 序列及Illumina测序所需序列，引物结构如图 3 第一轮PCR扩增通过引物在16S
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17880, Q&A: 3
Windows 10中应用商店安装Ubuntu 20.04 LTS 在Linux系统下，以Miniconda3软件和Python3虚拟环境安装QIIME 2流程；然后下载16S rRNA 基因数据库，建立物种分类器。 宏基因组公众号团队建立了微生物组领域的扩增子和宏基因组常用软件和数据库的国内备份站点，方便同行下载和使用。站点1. (可选) 训练分类器—指定V区分类器 如果扩增了指定的16S区域，还可以构建特异区域的分类器，可进一步提高分类精度。 国家微生物科学数据中心的