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锁核苷酸PCR解析植物内生细菌多样性方法
Locked Nucleic Acid (LNA) Oligonucleotide PCR Clamping Method for Investigating the Plant Endophyte Bacteria
Authors:  于镇华Makoto Ikenaga, Masao Sakai, 王光华 and date: 04/13/2021, view: 3330, Q&A: 0
... ，从而达到选择性的扩增细菌SSU rRNA基因，而抑制了植物细胞器基因扩增的目的。 采用该方法所得的PCR产物可有效排除来自植物细胞器SSU rRNA基因的干扰，可进行高通量测序等下游实验，而且后续结果分析中也不需要进一步人工筛选不属于植物内生细菌的序列。表1. Improvements in bacterial primers to enhance selective SSU rRNA gene amplification
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:  付伟武慧, 陈保冬 and date: 04/22/2021, view: 6473, Q&A: 0
... ：rRNA小亚基 (Small Subunit rRNA, SSU)，转录间隔区 (Internal Transcribed Spacer, ITS) 和rRNA大亚基 (Large Subunit rRNA 然而，ITS区域相较于SSU rRNA变异性更高，在低分类水平下的分辨率较高，因此其检测AM真菌群落响应的敏感性可能更高 (Gao et al., 2018)。 结合以上分析，为了更广泛的适用范围，本方法以最常用的SSU rRNA
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9878, Q&A: 0
... 16S扩增子分析常用数据库2.1SILVA：源于拉丁文，是一个最全面并定期更新的数据库，提供了细菌、古菌和真核生物三域的16S/18S小亚基 (small subunit rRNA gene, SSU) 基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略. 应用生态学报 26(11): 3545-3553. 2.3RDP：全称Ribosomal Database Project，提供了已注释的细菌和古菌小亚基rRNA基因和真菌大亚基rRNA
PhyloSuite 在多基因系统发育分析中的应用
Application of PhyloSuite to Phylogenetic Analysis Using Concatenated Sequences
Authors:  张东李文祥, 高芳銮, 王桂堂 and date: 09/23/2021, view: 5804, Q&A: 0
③ Extract-Seq 选框将自动选中 (此模式仅导入提取结果至 MAFFT 时自动启用)，切换AA (氨基酸)/PCGs (蛋白编码基因)/RNAs (tRNA和rRNA基因) 按钮将自动导入对应序列 A case study using SSU rDNA and Are combined analyses better than single gene phylogenies? A case study using SSU rDNA and rbcL sequence comparisons