基于Cellposee植物组织冷冻包埋切片染色图的细胞区划

一、视频摘要

基于Cellpose植物细胞壁荧光染色图分割细胞边界，生成单细胞区划文件，为后续深入分析打基础，例如基于mask配准文件提取时空组单细胞表达矩阵等。

二、关键词

植物细胞壁、荧光染色、细胞分割、mask文件生成

三、实验样品信息，试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

拟南芥种子冷冻包埋切片荧光染色扫描图

2. 试剂和耗材

3. 仪器和软件

1、Cellpose

2、ImageJ

四、实验操作

1、选组组织；

2、Cellpose圈定；

3、ImageJ生成mask文件。

五、注意事项

1、Cellpose需确定细胞大小与圈定模型。

2、ImageJ二值化需选中所有像素（1-n）,图层加和需根据实际情况调整（AND or add）。