一、视频摘要
基于Cellpose植物细胞壁荧光染色图分割细胞边界,生成单细胞区划文件,为后续深入分析打基础,例如基于mask配准文件提取时空组单细胞表达矩阵等。
二、关键词
植物细胞壁、荧光染色、细胞分割、mask文件生成
三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器
1. 样品信息
拟南芥种子冷冻包埋切片荧光染色扫描图
2. 试剂和耗材
3. 仪器和软件
1、Cellpose
2、ImageJ
四、实验操作
1、选组组织;
2、Cellpose圈定;
3、ImageJ生成mask文件。
五、注意事项
1、Cellpose需确定细胞大小与圈定模型。
2、ImageJ二值化需选中所有像素(1-n),图层加和需根据实际情况调整(AND
or add)。
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