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统计图片中拟南芥下胚轴的方法

高海霞 |  2022-11-23  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1067
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视频简介通过用Image J软件和Graphpad prism软件收集并处理拟南芥下胚轴数据。
  • 视频介绍
一、视频摘要

下胚轴长度变化是反应植物受昼夜节律、温度以及光照变化的重要指标[1-2]。在测量拟南芥本体下胚轴过程中,往往会对拟南芥的造成伤害,不利于后续的实验和数据测量,所以一种准确且不伤苗的测量方法必不可少。本视频结合Image J软件和Graphpad prism软件收集并处理了拟南芥下胚轴数据。

二、关键词(3-5 个关键词便于被搜索)

下胚轴、Image J软件、Graphpad prism软件

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

拟南芥照片

2. 试剂和耗材

3. 仪器和软件

①普通电脑、

②Image J软件、

③Graphpad prism软件

四、实验操作

第一步 用Image J软件打开需要测量下胚轴的植物图片

双击Image J图标,打开软件,依次点击,File,open,选择需要测量的图片,打开。

第二步 设置比例尺

选择直线工具,量取一段已知长度,然后,依次点击,Analyze,Set scale;

在Know distance中输入我们的已知长度,在Unit of length中输入长度单位,点击OK;

第三步 测量下胚轴

用放大工具,放大要测量的部位,切换为折线工具,沿着植物下胚轴描边,在英文输入状态下,按“M”键,按“Esc”键,取消选择;

重复这一步,直到测量结束;

第四步 保存数据

依次点击数据表对话框中,File,Save as,修改文件名,点击保存;

第五步 作图

汇总数据后,打开GraphPad Prism软件,选择合适的数据模板,点击创建,通过复制粘贴的方式导入数据,该软件能够自动生成需要的图表,只需双击需要改动的部分即可对图表进行修改;

如果有多张数据图表,可以通过点击左侧布局按钮,根据作图数目或组图需要选择布局格式,然后,双击位点就可以选择插入的数据图,点击确定,适当调整插入的结果图片,然后依次点击文件,导出,选择合适的文件格式,点击确定就可以导出结果;

五、注意事项

1.选用的图片能够清晰看到拟南芥下胚轴的结构;

2.选用的图片中必须有一段已知长度;

3.测量时,描完下胚轴后的最后一个位点不要移动,否则测量结果不准确;

4.测量时,一定要在英文状态下按“M”键;

5.在完成一次测量后,一定要按“ESC”键取消描边,否则会影响下一次的测量。

六、结果分析(可选)

七、参考文献(可选)

[1]Ince Yetkin Çaka,Krahmer Johanna,Fiorucci Anne-Sophie et al. A combination of plasma membrane sterol biosynthesis and autophagy is required for shade-induced hypocotyl elongation.[J] .Nat Commun, 2022, 13: 5659.

[2]Laosuntisuk Kanjana,Doherty Colleen J,The intersection between circadian and heat-responsive regulatory networks controls plant responses to increasing temperatures.[J] .Biochem Soc Trans, 2022, 50: 1151-1165.

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