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Gibson Assembiy 质粒图谱绘制

王祎涵 |  2022-11-23  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1082
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视频简介使用Snapgene软件绘制质粒图谱,包括从NCBI查找基因序列,导入到Snapgene软件中,最后使用Gibson Assembly的方法构建质粒。
  • 视频介绍

一、视频摘要

本实验使用Gibson Assembly的方法在SnapGene软件上进行质粒图谱的绘制。通过质粒图谱的绘制,可以直观的了解引物设计、PCR、Gibson Assembly。所得到的质粒图谱及绘制流程可用于论文的结果图。

二、关键词

 Gibson Assembly、质粒图谱绘制、SnapGene、PCR

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1.样品信息

2.试剂和耗材

3.仪器和软件

NCBI网址:National Center for Biotechnology Information (nih.gov)

软件:SnapGene3.2.1

四、实验操作

1、在NCBI网站查找淀粉酶基因amyS,将序列导入SnapGene上,更改基因名称,添加Features;网页上查找任意一个质粒pGAPZA,将序列导入SnapGene上,更改质粒名称,添加Features。

2、根据引物设计的原则,设计扩增amyS与pGAPZA的引物,其中amyS的扩增引物需带有与pGAPZA的扩增引物20bp左右的同源片段。

3、在SnapGene上,进行Gibson Assembly的操作,得到可表达目的基因的表达载体。


五、注意事项

1、引物设计时注意引物的方向。

2、在SnapGene上,进行Gibson Assembly的操作时注意引物的方向。

六、结果分析(可选)


七、参考文献(可选)

Daniel G. Gibson, Synthesis of DNA fragments in yeast by one-step assembly of overlapping oligonucleotides, Nucleic Acids Research, Volume 37, Issue 20, 1 November 2009, Pages 6984–6990

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