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使用Colab-AlphaFold2预测蛋白复合物结构

李国强 |  2023-12-08  | DOI: 10.21769/BioProtoc.v1298
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视频简介使用Colab-AlphaFold2在线网址预测蛋白复合物结构,不需要在本地安装AlphaFold2软件。操作简便,只需要输入蛋白序列,即可获得AlphaFold2预测的复合物结构,可以免费使用Colab的GPU计算资源。
  • 视频介绍

一、视频摘要

实验原理:AlphaFold2是目前预测蛋白结构最准的AI软件,AlphaFold2计算需高性能GPUGoogle Colab 是一个免费的云服务并支持免费的GPU。本地安装AlphaFold2软件不仅需要大量内存,而且需要高性能GPU支持。Colab上线了AlphaFold2软件,可以利用Colab上免费GPU计算,从而用AlphaFold2预测蛋白复合物结构。

 

实验目的:教大家如何使用ColabAlphaFold2软件,预测蛋白复合物结构。

 

实验结果:利用本视频的教程,可以使用Colab-AlphaFold2在线网址预测蛋白复合物结构,只需要输入蛋白序列,即可获得AlphaFold2预测的复合物结构。

二、关键词

AlphaFold2,蛋白结构,AI预测,复合物,Colab

 

三、实验样品信息,试剂、耗材或仪器

1. 样品信息

视频操作教程,无样品

 

2. 试剂和耗材

视频操作教程,无试剂和耗材 

 

3. 仪器和软件

Colab-AlphaFold2在线软件网址:https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb

PyMoL软件(蛋白结构可视化软件):www.phenix-online.org

四、 实验操作

 

1 准备好复合物目标蛋白序列;

2 打开Colab-AlphaFold2网站,并登录。将蛋白序列拷贝到Input一栏中,多个蛋白中间用英文状态下:间隔。

3 点击运行,即可开始运行AlphaFold2,预测蛋白复合物结构。

利用PyMol软件对解析的蛋白结构进行可视化操作。

 

本方法优点:不需要在本地安装AlphaFold2软件。操作简便,只需要输入蛋白序列,即可获得AlphaFold2预测的复合物结构,可以免费使用ColabGPU计算资源。

 

五、注意事项

运行过程中,不能长时间离开该计算界面,否则Colab会自动切断计算资源。

 

六、参考文献

1. Jumper, J. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2 (2021).

2. Tunyasuvunakool, K. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-021-03828-1 (2021).

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