对输入的微生物群落数据集Micro进行筛选,标准为:每个OTU至少在3个样本中存在,获得的数据集为Micro1
Micro1<- Micro[rowSums(Micro >= 1)>= 3,]
Micro1<- Micro1/11730 #11730为每个样本的最小抽平序列数
Micro1<-t(Micro1)
library(TITAN2)
CEC_titan<-titan(Env[,3], Micro1,numPerm=250,
boot=TRUE,nBoot=500,imax=FALSE,ivTot=FALSE,
pur.cut=0.95,rel.cut=0.95,memory=TRUE)
plot_sumz(CEC_titan,filter=TRUE,xlab=expression("CEC"),pch1=20,pch2=20, col1="#fdbb2d",col2="#1E9600")
图6. 微生物群落负响应种 (Z—) 和正响应种 (Z+) 指示总分沿CEC梯度突变点的响应曲线 plot_taxa(CEC_titan, z.med=F,leg.x=.8, leg.y=5, xlab=expression("CEC"), cex.taxa=.9,cex.axis=1.35,cex=1,fil1="white",fil2="white",pch1=20, pch2=20,
col1="#fdbb2d",col2="#1E9600",pur.cut=0.95, pval.cut=0.05, rel.cut=0.95)
图7. 微生物群落沿CEC梯度负响应种和正响应种分布图