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土壤宏转录组样本制备
Soil Sample Preparation of Microbial Communities for Metatranscriptomics
Authors:  贝水宽彭静静 and date: 04/12/2021, view: 4105, Q&A: 0
b 图样品中16S rRNA和23S rRNA去除程度高，mRNA富集程度好，适合进行下游反转录和宏转录组文库构建，而c图样品中16S rRNA和23S rRNA残留程度相对较高，mRNA富集程度较差。 宏转录组文库构建 基于NEBNext? Ultra? Directional RNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolabs, USA) 试剂盒 international.neb.com/protocols
土壤宏转录组学样本前处理与数据分析
Sample Pretreatment and Data Analysis of Soil Metatranscriptome
Authors:  张丽燕连政汉, 褚海燕 and date: 02/10/2021, view: 4815, Q&A: 4
图2.以酸性土样本为例的土壤微生物活性基因在KEGG level 2水平上的功能分类四、 土壤宏转录组研究的优点当与室内培养控制实验和高通量测序结合使用时，可以估算群落中特定微生物正在进行的积极的转录过程 将装有RNA样品的EP管用干冰密封好，送至美格基因进行宏转录组测序 (测序平台为Illumina Hiseq Xten)。表1. 部分样本RNA提取浓度和纯度 图1. 二、 宏转录组下机数据分析流程测序得到的原始数
微生物组的定量宏基因组学和定量宏转录组学方法
Quantitative Metagenomics and Metatranscriptomics Methods of Microbiome
Authors:  黄昕瑜张璐, 袁凌, 鞠峰 and date: 04/13/2021, view: 6212, Q&A: 1
2)去除内标序列 用BlastN将宏转录组序列（reads）比对到内标序列，将比对得分（bit-score）高于50分的宏转录组reads计作属于内标序列的reads，记录属于内标序列的总reads数。 内标的回收与基础生物信息学分析6.1数据前处理6.1.1定量宏转录组数据前处理 1)质控 用PRINSEQ对宏转录组的原始序列进行过滤，除去adapter，除去包含模糊碱基（amb
野生动物微生物组数据平台构建的技术方法和实践挑战
Technical Frameworks and Practical Challenges in Developing Wildlife Microbiome Databases
Authors:  王恺毅杨蕊菁, 李雨霏, 赵李頔涵, 闫利平, 王海燕, 高云云 and date: 02/05/2026, view: 131, Q&A: 0
宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组等不同层次的数据在同一平台上的融合，不仅可以更全面地解析微生物群落的结构与功能，还能为系统生物学和精准医学研究提供更丰富的参考 [43]。 Animal-APAdb [21] 专注于动物RNA-seq数据的可变多聚腺苷酸化调控信息，从宿主转录调控的角度补充了组学数据，但并非直接的微生物组数据库，需要与宏基因组或宏转录
RNA病毒组与生物信息学分析
RNA Virome and Bioinformatics Analysis
Authors:  张誉译陈毅聪, 魏小曼, 崔杰 and date: 06/11/2021, view: 5044, Q&A: 0
2017年，ICTV宣布将通过宏基因组或宏转录组的方法发现的病毒加入正式的病毒学分类体系 (Simmonds et al., 2017)。 人们不需要再颇费周章地寻找合适的病毒培养体系或模式动物，直接将感兴趣的样品构建成测序文库 (Library)，通过宏基因组 (Meta-genomics) 或宏转录组 (Meta-transcriptomics Zhang等人在他们的一篇评论中详细地介绍了利用宏基因组学、宏
柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法
A Protocol for Citrus Rhizosphere and Rhizoplane Microbiome Sample Collection and Nucleic Acid Extraction
Authors:  张云增徐进, Riera Nadia, 王年 and date: 04/12/2021, view: 3346, Q&A: 0
为了降低后续宏基因组和宏转录组数据中植物组织的污染程度，可使用无菌镊子挑取去除LifeGuard soil preservation solution土壤悬液中的柑橘根部组织。 按试剂盒说明书进行操作提取微生物组的总RNA，共20个步骤。 该方法已应用于研究黄龙病对柑橘根部微生物组的影响 (ref. 4，该研究受到Florida Citrus Research and Development Foundation的资助) 。 漩涡震荡仪适配器 (Mo Bio, catalog numbe
反刍动物瘤胃样品采集与保存
Collection and Preservation of Ruminant Microbial Samples
Authors:  张小丽王祚, 周传社, 焦金真, 谭支良 and date: 07/07/2021, view: 4485, Q&A: 0
这部分样本可以用于提取核酸进行后续扩增子测序、宏基因组及宏转录组等分析。 3) ，滤液立即测定pH，接着使用移液枪分两次取出4 ml过滤得到的液体打入10 ml灭菌离心管中，然后再将离心管放入液氮使样品迅速冻结后，立即将样品放入?80 °C保存，此样品可用于提取核酸进行后续转录组
微生物群落RNA稳定同位素探针技术 (RNA-SIP)
RNA-Stable Isotope Probing for Microbial Communities
Authors:  张璐鞠峰 and date: 03/25/2021, view: 4538, Q&A: 0
RNA稳定同位素探针技术与rRNA基因或功能基因扩增子测序 (Zhang et al., 2017) 和mRNA宏转录组测序 (Ju et al., 2019; Bradford et al., 2018 区带RNA定量分析 对标记实验组 (如13C和15N) 和对照组 (如12C和14N) 样本所有区带RNA进行反转录定量PCR (qRT-PCR) 分析，以根据需要获取各区带16 S、18S、ITS或目标功能基因的定量信息 Scientific, catalog number: 109