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基于16S rRNA测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析
Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR
Authors:  黄珊珊马丽媛, 刘学端 and date: 04/13/2021, view: 2483, Q&A: 0
群落组成分析3.1高通量测序1)和806R(5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)扩增DNA样本的16S rRNA基因V4区，PCR反应条件为：94 °C预变性5 min后，进行28个循环 1.7分别将含有游离微生物和吸附微生物的上清液在12,000 × g转速下离心10 min，弃上清。 1.5将上清液转移至收集管中，并在光学显微镜下检查是否有微生物细胞。1.6重复上述矿物样品重悬步骤，直至上清液中未观察到细胞存在，则吸附在矿物表面微生物已被完全洗脱下来。 1.1充分振荡混匀含有微生物
猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析
The Collection of Gastrointestinal Content and Mucosa from Pigs for the Analysis of Microbial Community
Authors:  李佳彦李华, 罗玉衡 and date: 03/25/2021, view: 3114, Q&A: 0
短期或长期饲喂高水平豌豆纤维对猪盲肠微生物群落结构和代谢产物的影响. 贝叶斯算法 (Version 2.2, http://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/) 对每个OTU中的所有序列进行分析和注释，在各分类水平统计样品的微生物群落组成 4.0.1) ade4、vegan、WGCNA、ggplot2等软件包进行PCA，PCoA、NMDS、CCA和RAD分析，挖掘物种的组间差异，并结合环境因素
微生物生物地理学研究方法
Research Methods of Microbial Biogeography
Authors:  彭子恒焦硕, 韦革宏 and date: 06/01/2021, view: 4655, Q&A: 1
：物种组成分析是最基本的生物地理模式之一。 生物地理学按照生物群落可以划分为植物生物地理、动物生物地理和微生物生物地理。当前，随着高通量技术的发展，微生物生物地理学迎来了发展机遇。 四、 细菌α-多样性的影响因素分析介绍：探究微生物多样性的影响因子主要是回答多样性为什么这样分布。微生物多样性的影响因子主要从土壤因子和气候因子两方面考虑。 目前微生物多样性的纬度梯度模式已经得到了广泛的研究。
土壤动物肠道微生物样本采集及分析方法
Methods for Collection and Analysis of Gut Microbiota in Soil Animals
Authors:  郝操龚鑫, 朱冬, 吴东辉 and date: 01/05/2023, view: 1937, Q&A: 0
微生物多样性分析2.1微生物多样性和物种组成分析 微生物多样性分析和制图可在RStudio中进行。 注意：如果同时调查环境微生物多样性，环境微生物DNA的提取流程应与肠道微生物保持一致。 2.2微生物共现网络分析 微生物共现网络分析愈来愈多地被应运在土壤动物肠道微生物研究当中，用于揭示同一微生物类群内不同物种或不同微生物类群间物种的共现模式及共存机制 (Zhu et al.,
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17823, Q&A: 3
国家微生物科学数据中心的数据下载页面——工具资源下载栏目 (http://nmdc.cn/datadownload) 即为宏基因组团队与中科院微生物所共同维护的站点之一，提供宏基因组常用软件、数据库的FTP Beta多样性指数各组间比较的统计结果 (PERMANOVA/ADONIS) 物种组成分析 物种注释使用classifier_gg_13_8_99_V5-V7.qza，这是我用V5-V7训练的文件，也可以使用全长序列的训练集 微生物组数据分析方法与应用. 遗传 41(9): 845-826.Beals, E. W.
使用QIIME 2 2025.4分析微生物组16S rDNA基因和ITS扩增子测序数据
Using QIIME 2 2025.4 to Analyze Microbiome 16S rDNA Gene and ITS Amplicon Sequencing Data
Authors:  杨海飞曾美尹, 高云云, 陈同, 刘永鑫 and date: 08/01/2025, view: 2629, Q&A: 1
p-value q-value KO OE129993.6804300.0100.015KO WT129993.9821890.0220.022OE WT129992.7445040.0090.015物种组成分析 ： （1）评估嵌合不对称群落融合：通过分析受体微生物组与供体微生物组的融合情况，判断移植后的微生物组是否成功定植。 （2）识别供体微生物组指示特征：找出在受体中定植的供体微生物组特征，帮助了解哪些微生物在移植后能够在受体中存活并发挥作用。 凭借成本低、特异性强