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跨物种靶基因富集技术实验方案
Protocol for Cross-species Target-gene Enrichment
Authors:  黄俊满袁昊, 李晨虹 and date: 05/11/2021, view: 3718, Q&A: 0
... 此富集数据组装流程共分为3步：数据预处理，数据组装，数据后期处理。 数据分析 利用 (Yuan et al., 2019) 发表的外显子富集数据组装流程进行富集数据的组装(Assexon，https://github.com/yhadevol/Assexon ，并与组装的数据合并 $ perl get_orthologues.pl --q
高质量基因组组装
High-Quality Genome Assembly
Authors:  王忠凯黎浩榕, 李永鑫 and date: 08/25/2021, view: 8648, Q&A: 0
基于PacBio单分子测序的基因组组装策略有以下几类：1) 三代测序数据深度较低 (<5x) 时，通常以二代测序数据基因组组装的contig之间的骨架为草图，低深度三代测序数据辅助补洞 (gap Canu可以单做数据纠错或者单做组装 (reads纠错用其他软件)，也可以一步完成de novo组装所需的所有步骤。 虽然组装软件会进行纠错，但是其组装结果的单碱基准确率仍然不及二代测序数据的组装
超级保守元件 (UCE) 的捕获及分析流程
Protocols of UCE Capture and Data Analysis
Authors:  梁雅迪赖佳星, 高晓荣, 王耀卓, 张俊霞 and date: 06/11/2021, view: 6329, Q&A: 0
... UCE数据的组装，不同软件组装的结果对获取UCE序列的影响尚有待进一步研究。 主要流程包含原始数据质控与筛选、数据组装、UCE序列的识别和提取、序列比对和数据集质控、系统发育分析 (图1)。目前用于系统发育基因组学分析的软件很多，在此仅对我们比较常用的方法进行简单介绍。 我们一般用SPAdes version 3.14.1 (Prjibelski et al., 2020) 对每个样本质控和筛选后的数据进行组装。 (Grabh
Maize Genome Assembly with PacBio Reads
利用PacBio Reads组装玉米基因组
Authors:  Ying HuMarcio F. R. Resende Jr. and date: 07/05/2022, view: 1083, Q&A: 0
... 这种方法以前用于甜玉米基因组组装（Hu et al ., 2021）。 文献中的其他协议是可用的，并且也产生了高质量的 组装，例如使用 Falcon 校正 PacBio 子读数，使用Canu版本 1.8 进行修剪和组装，以及使用 Pilon (Walker et al
利用基因组数据设计通用单拷贝核基因与超保守元件分子标记方法
Streamlining Universal Single-copy Orthologue and Ultraconserved Element Design Method from Whole Genome Sequencing
Authors:  丁银环杜诗雨, 张峰 and date: 07/30/2021, view: 5034, Q&A: 0
二、基因组组装 低深度二代测序的基因组组装建议使用Zhang et al. (2019) 的PLWS快速流程 (https://github.com/xtmtd/PLWS)，该流程可以从低深度测序的基因组数据中快速从头组装基因组 由于从Illumina数据组装的基因组存在片段化现象，本文中建议注释时设置最小序列长度为20,000 bp，蛋白数据库odb.fa来源于OrthoDB。 首先，选取目标类群的基因组数据用于后续标记设计，其中高质量组装
mRNA-Seq差异表达一般流程及高阶分析
General Pipeline and Advanced Analysis of mRNA-Seq Differential Expression
Author:  谢忱date: 09/10/2021, view: 5613, Q&A: 0
... ，因此没有再利用测序数据组装新的转录本。 比较重要的参数包括"--rna-strandness" (测序建库是否为stranded，以及相应方法) 和"--dta" (输出结果便于StringTie进行转录本组装 如需组装新的转录本，可利用StringTie (Pertea et al., 2015) ("https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/") 等工具。 Trimmomatic命令注：对原始测序数据预处理后
The Canu Genome Assembly Pipeline Using Nanopore Long Reads
使用 Nanopore Long Reads 的 Canu 基因组组装流程
Authors:  Guifang LinSanzhen Liu and date: 09/05/2022, view: 1597, Q&A: 0
... 小型真菌数据集用于说明管道。该管道已被证明可以生产高质量的真菌和植物基因组基因组组装。图形摘要： 从原始数据到基因组组装的流程图。