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使用MrBayes开展贝叶斯支端定年分析
Bayesian Tip Dating using MrBayes
Authors:  张驰罗阿蓉 and date: 07/23/2021, view: 3936, Q&A: 0
... 支端定年法把化石形态和年代数据整合在一次完整的计算过程中，能够尽可能充分地利用数据信息，同时考虑了树的拓扑结构、分异时间、演化速率以及化石年代的不确定性。 但是由于演化速率在树上可能变化很剧烈从而导致单单依靠宽松钟无法准确定树根。这时，需要使用附加的拓扑结构限制。下例通过限制鸟类为内群，把第一个类群 (驰龙) 排除为外群。接着还定义了几个大的分类单元。 relative fossil-sampling rate, s]prset treeagepr = offsetexp(153, 169); [root age]
使用BEAST 2开展贝叶斯支端定年分析
Using BEAST 2 for Bayesian Tip Dating
Authors:  罗阿蓉张驰, 朱朝东 and date: 07/15/2021, view: 6152, Q&A: 0
... 该模型假设演化速率服从独立的对数正态分布。2.7点击BEAUti主选项Priors开始先验设置。 该方法将置换模型、演化速率、类群分异过程等纳入一个整体的统计学分析框架中，将化石信息纳入先验模型，从而估算类群的绝对历史分异时间。 2.6点击BEAUti主选项Clock Model开始演化速率设置。对形态和分子数据分别采用宽松钟模型，可具体设为Relaxed Clock Log Normal。 假设所有的数据源于相同的类群演化过程，因此对6个数据分区 (分子数据5
鸟类鸣声：录音、回放和分析
Bird Song: Record, Playback and Analysis
Author:  夏灿玮date: 07/15/2021, view: 6531, Q&A: 0
... 正是因为鸟类鸣声特征的变化与DNA突变在诸多方面 (演化速率，中性突变，状态数量) 有明显的差异，需要以一个审慎的态度去评估鸣声演化的研究。 目前重塑祖先状态的算法多借鉴于DNA突变的模型，其前提假设是性状突变的速率要足够的低。 在溯祖分析的过程中，需要选择合适的演化模型。由于鸣声资料没有化石证据，所以在选用演化模型时带有很大的主观性。 结果解读的原则是：在现今起作用的因素，在演化历史中也可能起作用。 鸟类鸣声的演化5.1研究方
"自然分类"—老概念，新诠释
Natural Classification, Old Concepts and New Interpretations
Author:  任东date: 05/11/2021, view: 5465, Q&A: 0
... 因为我们是无法估算出这些"随时间变化"和"随生物类群变化"的物种实际的形成及灭绝速率的 (Louca et al., 2020)。 生物起源、演化及每个生物类群在演化树上的位置 (系统发育关系) 是生物分类学和生命科学研究追求的最终目标，也是人类探索的最大哲学问题之一。 不同的生物类群具有不同的亲缘关系和自然历史演化过程。 古今结合、宏观和微观结合，利用分子-形态-化石性状全证据，将化石类群和现生类群放在一颗演化树上重建生物的系统发育树和历史演化过
基于转录组数据和短序列测序的系统发育研究方法
Phylogenomics based on transcriptomics and short-read sequences
Authors:  蒙冠良周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 09/10/2021, view: 10407, Q&A: 0
... 均质性是指分子瞬时替换速率恒定，且进化树的不同支系具有相同的速率。 ，例如假设所有位点具有相同的替换速率，或存在一定比例的不变位点 (invariant sites)，或替换速率服从Gamma分布。 研究背景理解物种之间的系统发育关系是构建生物演化框架的关键，也是进一步开展生物性状演化、生物地理变迁、分子遗传机制等分支学科的重要前提。 导致非同源相似的因素包括趋同演化 (convergent evolution)、平行演化 (parallel
利用动物基因组二代测序数据拼接线粒体基因组的方法
Protocols for Extraction and Assembly Mitochondrial Genomes from Animal Whole Genome Next-generation Sequencing (NGS) Data
Authors:  宋梦洹严超超, 李家堂 and date: 08/31/2022, view: 4711, Q&A: 1
... 一、概述线粒体DNA作为一种通用标记，具有母系遗传、进化速率较快等特点，因此广泛应用于系统发育研究、生物多样性研究、群体遗传学研究及其他演化生物学相关研究领域(Avise, 1995 and 1998; 相比于单个或少数几个线粒体片段，线粒体基因组承载了更多的遗传信息，这不但可以对物种的演化关系和种群动态历史进行更好的解析(Edwards et al., 2010; Lindqvist et al., 2010; Rogaev et al., 2006)，同时也降低了某些特定线粒体片段由于趋同演化等原因带来的偏差（
基因组水平的遗传多样度分析
Genomic Genetic Diversity Analysis
Authors:  吴宏匡卫民, 胡靖扬, 于黎 and date: 04/21/2021, view: 6195, Q&A: 0
... CM017351.1号染色体上θπ的分布和波动注：由图可见核苷酸多样度在染色体上并不是恒定不变，不同区域存在较大波动，反应了这些区域可能经历了不同的演化事件或显著差异的DNA遗传特性（如重组率和突变速率 另一方面，可以解析基因组中哪些遗传区域经历了快速演化事件（例如自然选择）。目前，人们以不同参数来表征生物种群的遗传多样度，例如：单倍型多样度、杂合度和核苷酸多样度等。
计算流体动力学在古生物学领域中的应用
Authors:  姚苏元朱敏, 卢静 and date: 02/05/2026, view: 294, Q&A: 0
... 仿生流体力学领域多运用动网格模拟现生鱼类摆尾游动，对于化石鱼类只能依赖于现生鱼类波模型 [40]，并综合二维或三维动网格技术来探究摆动频率、幅度对于游泳速率的影响。 除了目前常见的单物种或单类群分析外，也可以进行跨类群功能演化分析，通过对比不同无颌鱼类或有颌鱼类化石类群的流体力学特征，揭示形态适应性演化路径。 目前多集中于无颌的骨甲鱼类 [13]和异甲鱼类[26,27] 的流体力学分析，而盔甲鱼类头甲形态演化与其他有颌类如盾皮鱼、棘鱼等形态演化研究目前相对空白。 ，为揭示生物与环境共演化
有瓣蝇类野外采集与标本制作、保存、鉴定方法 及分子系统学研究
Collection, Preparation, Preservation, Identification and Molecular Phylogenetics of Calyptratae (Diptera: Schizophora)
Authors:  张东闫利平, 李心钰, 孙浩然, 徐雯恬 and date: 11/11/2021, view: 2296, Q&A: 0
... 、阐明不同生物类群间协同演化的基石。 得益于通用引物的设计，线粒体基因组一直被广泛应用于系统发育重建研究，如Zhang et al. (2016)、Yan et al. (2019)，即使在高通量测序技术极大发展的今天，由于线粒体基因组比核基因进化速率快 有瓣蝇类系统发育关系重建—侧重狂蝇总科演化历史研究. 博士学位论文. 北京林业大学.于黎，张亚平. (2006). 系统发育基因组学—重建生命之树的一条迷人途径. 系统发育基因组因具有大量系统发育信号，被普遍认为是解决生命演化历史“疑难”类群的有力手段 (Dunn