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基于GraftM对功能基因进行物种注释
Taxonomic Classification of Microbes with a Given Function Based on a Specific Functional Gene
Author:  赵圣国date: 06/24/2021, view: 3017, Q&A: 0
研究背景微生物多样性分析中，物种注释是最为关键的步骤。 本文介绍了基于GraftM进行功能微生物的物种注释。 与16S rRNA基因或ITS基因相比，功能基因常具有多个不同拷贝，难以作为系统发育的标签基因，无法根据基因序列组成和相似特点直接进行物种注释，所以常用的RDP Classifier等算法无法适用于功能基因物种注释分析 GraftM (Boyd et al., 2018) 是用于功能基因注释的优秀软件，它通过对已知功能基因构建
易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
EasyAmplicon: An Easy-to-use, Reproducible and Cross-platform Pipeline for Amplicon Analysis
Authors:  刘永鑫陈同, 周欣, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 9536, Q&A: 1
... 物种注释存在命名混乱、分类级不完整和名称缺失等问题。我们先对格式进行调整方便开展分析。调整物种注释为特征ID和7级分类注释的两列格式 (表4和附表7)。 前在特征表筛选时已经对特征序列完成了物种注释，并根据注释进行筛选。 使用USEARCH的sintax算法进行物种注释。 (可选) 16S核糖体基因物种注释数据库 16S扩增子测序分析，常用RDP/SILVA/GreenGe
基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程
Workflow for Discriminative zOTU Analysis Based on Compositional Data
Authors:  焦金真张小丽, 王敏, 谭支良 and date: 04/27/2021, view: 5359, Q&A: 0
... 差异zOTUs的effect图3.2差异zOTUs 的物种注释 差异zOTUs的文件格式如图6。 之后执行SINTAX命令比对了RDP数据库，对zOTU进行了物种注释。本流程旨在筛选空肠不同生态位细菌的差异zOTU。 差异zOTUs的物种注释结果致谢感谢国家自然科学基金委青年项目 (31601967) 对本分析流程的资助。本试验方案内容改编于Gloor et al. (2017) 开发的流程，特此致谢。 Shewanella等，而山羊粘膜中 (Mucosa enriched O
基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示
Construction and Display of Phylogenetic Tree Based on Amplicon Data
Authors:  周欣马紫英, 祁智慧, 刘永鑫, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 7925, Q&A: 5
... 图17.最终生成的系统发育树图小结本文简要介绍了微生物扩增子数据中高丰度OTUs数据的筛选，代表性序列及对应物种注释的获取，以及系统发育树的构建方法等。 sed '1 s/#OTU ID/OTUID/' > otutab_high.id在进行完OTU筛选后要根据OTUs的ID提取每个OTUs对应的fasta格式的代表性序列，手动整理物种注释和分组信息表 在线网站的系统发育树展示和编辑系统发育树的编辑：按住鼠标左键，将“plan1”文件夹中的“iTOL_labels-Genus.txt”文件拖到
使用QIIME 2分析微生物组16S rRNA基因扩增子测序数据
Using QIIME 2 to Analysis Amplicon Sequencing of 16S rRNA Gene in Microbiome
Authors:  刘永鑫陈同, 钱旭波, 白洋 and date: 04/25/2021, view: 17896, Q&A: 3
... Beta多样性指数各组间比较的统计结果 (PERMANOVA/ADONIS) 物种组成分析 物种注释使用classifier_gg_13_8_99_V5-V7.qza，这是我用V5-V7训练的文件，也可以使用全长序列的训练集 otus.tar.gz 解压 tar -zxvf gg_13_8_otus.tar.gz 使用rep_set文件中的99_otus.fasta数据和taxonomy中的99_OTU_taxonomy.txt数据作为参考物种注释 feature-table.txt 导出代表序
高通量分离培养和鉴定植物根系细菌
High-throughput Cultivation and Identification of Bacteria from the Plant Root Microbiota
Authors:  张婧赢刘永鑫, 郭晓璇, 秦媛, 白洋 and date: 06/01/2021, view: 7418, Q&A: 3
... 鉴定扩增序列变体 (ASV) 和物种注释；C. 96孔板中培养菌的序列和物种注释表。修改自Zhant et al.(2021)。 采用USEARCH的sintax命令基于RDP数据库进行物种注释，结果整理为制表符分隔的表格 (附表3)。 此步包括整合ASV和物种注释表、评估ASV多样性的饱和度、ASV或属水平种类的分布、以及每个孔中培养菌的纯度。 输出结果主要包括两个表：ASV列表 (isolate_ASV.txt, 附表5) 包括5个最佳候选
动物微生物单细胞转录组分析工具：现状与未来发展方向
Authors:  赵李頔涵房楠楠, 王恺毅, 王海燕, 闫利平, 高云云 and date: 11/25/2025, view: 263, Q&A: 0
... 物种注释与真核单细胞转录组仅需将reads比对到参考基因组不同，微生物单细胞转录组在预处理阶段往往需要额外的物种注释步骤。 工具为每个细胞确定物种注释结果。 整体上，微生物单转的物种注释包括制定参考数据库与物种分类策略，是区别于真核单转预处理的核心步骤。 随后进行物种注释，利用Kraken2[24]构建基于gOTU的自定义数据库，并结合Bracken[25]对单细胞reads进行物种
使用QIIME 2 2025.4分析微生物组16S rDNA基因和ITS扩增子测序数据
Using QIIME 2 2025.4 to Analyze Microbiome 16S rDNA Gene and ITS Amplicon Sequencing Data
Authors:  杨海飞曾美尹, 高云云, 陈同, 刘永鑫 and date: 08/01/2025, view: 2731, Q&A: 1
... 物种注释 利用分类学数据库（如SILVA或Greengenes），对ASV进行物种注释，解析群落组成，并挖掘潜在的功能信息。 5. -input-path otus.fa \ --type'FeatureData[Sequence]' --output-path rep-seqs.qza导出特征表、代表序列和物种注释 物种注释信息 堆叠柱状图展示（图6）qiime taxa barplot \ --i-table tab
虾的致病菌侵染实验
Experiment on the infection of pathogenic bacteria in Shrimp
Authors:  王永明丁维 and date: 04/08/2024, view: 926, Q&A: 0
... 通过物种注释与进一步的基因组分析，将本实验中从对虾肠道中分离得到的一株致病菌LvS-8n3，命名为Photobacterium damselae subsp. damselae LvS-8n3.二、 致病菌的侵染实验 致病细菌的物种鉴定：从marine broth 2216E固体培养基平板上挑取单菌落作为PCR扩增的模板。 将测序获得的16S rRNA基因序列在RDP
甘蔗根系细菌高通量分离培养与鉴定技术
Techniques For High-throughput Isolation and Identification of Sugarcane Rhizospheric Bacteria
Authors:  毕新萍杨翼航, 利晓彤, 胡志剑, 梁志彬, 邓懿祯 and date: 08/05/2025, view: 888, Q&A: 0
... 基于ASV表和物种注释得到孔信息列表，根据每个孔中的前三个ASV绘制纯度热图。 例如，QIIME被用来根据序列标签拆分样本；VSEARCH则负责引物切除、去冗余及基于RDP（Ribosomal Database Project）数据库的物种注释工作。 物种树展示培养菌的分类学组成（以根系组织培养菌为例）。不同颜色代表来源于不同门的细菌。 另外，我们安装了一系列关键R包用于数据处理后的可视化，包括如柱状图、箱线图以及稀释曲线的绘制，热图、物种分类树的生成等。例如，统计每个板和孔中的