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基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究
Analysis of Fungal Community in Mangrove Sediments Based on PacBio SMRT Sequencing
Authors:  张志峰李猛 and date: 04/23/2021, view: 3301, Q&A: 0
二、 PCR扩增与PacBio SMRT测序Primers选择 选择合适的Primer是研究微生物群落的最重要步骤。对于真菌群落的研究通常选用ITS区域。 四、 数据统计与分析 基于步骤三所获得的代表性序列和OTU table对真菌群落的α多样性、β多样性、生物地理学特征、分布与群落结构的影响因素，群落结构的组装过程、共现性关系等内容进行分析与可视化展示 对于ITS全长的扩增，建议优先选用对真菌群落具有极
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:  付伟武慧, 陈保冬 and date: 04/22/2021, view: 6457, Q&A: 0
此外，ITS作为真菌多样性研究的通用区域，其拥有较为完善的数据库 (如UNITE (K?ljalg et al., 2013) )，以及可以在真菌群落水平揭示AM真菌的群落响应和相互作用关系。 设计时同时考虑AM真菌，理论上覆盖度较好； 3. 可以在真菌群落水平上研究AM真菌的多样性。1. 种间变异度较大； 2. 引物的扩增效率可能不高，影响下游分析。 解决了ITS引物对AM真菌扩增效率低的问题； 2. 相较于S
提取杨树人工林土壤微生物菌体细胞的4种方法
Four Methods to Eextract Soil Microbes from Poplar Plantation
Authors:  王科选秦媛, 潘雪玉, 靳微, 杨预展, 袁志林 and date: 04/23/2021, view: 2553, Q&A: 0
... 焦磷酸钠处理后所得细菌群落结构组成与原始土样最接近，且群落多样性较为丰富，均匀度较高；虽然其真菌组分中OTUs数量明显较少，但可培养真菌的数量却显著高于其他三个处理组，且FF真菌微平板分析中AWCD值反映了真菌菌群利用碳源能力 不同处理组细菌 (A)、真菌 (B) 样品群落结构主坐标分析。 不同提取方法对微生物群落代谢活性的影响 四种样品细菌、真菌群落在BIOLOG ECO板、FF板中培养7
Marker Genes (16S and ITS) Protocol for Plant Microbiome Analyses
植物微生物组分析的标记基因（16S 和 ITS）实验方法
Author:  Geoff Zahndate: 04/20/2022, view: 1517, Q&A: 0
... [背景] 发现自己需要在给定环境中拍摄微生物群落结构的快照越来越普遍。 通常，这些数据是通过对 16S（用于细菌）或
植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析
DNA Extraction, Amplification and Source-tracking Analysis for Plant Microbiomes
Authors:  熊 超贺纪正, 张丽梅 and date: 04/27/2021, view: 3838, Q&A: 0
... 对于真菌群落，去除得到的非真菌ZOTUs (包括原生生物及植物界相关的ZOTUs) (filter_taxa_from_otu_table.py)。 三、细菌及真菌群落扩增测序 采用799F/1115R引物 (Kembel et al., 2014) 对细菌16S rRNA V5-V6区进行扩增 (该引物可减少对植物叶绿体的扩增)，反应体系为25 μl 土壤-植物连续体上微生物群落分布示意图. (A) 宿主植物不同部位为微生物群落提供了不同的微生境 (生态位)