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利用动物基因组二代测序数据拼接线粒体基因组的方法
Protocols for Extraction and Assembly Mitochondrial Genomes from Animal Whole Genome Next-generation Sequencing (NGS) Data
Authors:
宋梦洹
严超超
,
李家堂
and
date:
08/31/2022,
view:
4558,
Q&A:
1
需要手动提供种子序列的软件 以下涉及的方法,通常要对提取
线粒体
基因组
物种有一定的了解,需要通过获取其近缘物种的
线粒体
基因片段或
线粒体
基因组
来引导软件进行目标物种
线粒体
基因组
的组装。 因此,相对于
线粒体
片段来说,
线粒体
基因组
是一种更具优势的标记。同时,除了以上提及的科学研究领域,
线粒体
基因组
也可以应用于诸如,刑侦工作,食品生产相关领域以及进出口贸易检疫项目等。 早些年,想要获得一个完
有瓣蝇类野外采集与标本制作、保存、鉴定方法 及分子系统学研究
Collection, Preparation, Preservation, Identification and Molecular Phylogenetics of Calyptratae (Diptera: Schizophora)
Authors:
张东
闫利平
,
李心钰
,
孙浩然
,
徐雯恬
and
date:
11/11/2021,
view:
2210,
Q&A:
0
... 4.1多基因片段及
线粒体
基因组
线粒体
基因组
是昆虫分子系统学研究领域应用十分普遍的另一分子标记并受到广泛关注 (Cameron, 2014)。 1)数据获取 利用Sanger测序获取多基因片段及
线粒体
基因组
:通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR) 利用引物对目标类群的
线粒体
基因组
进行分段扩增。 ,Canada) 对组装后的
线粒体
基因组
序列进行基因注释。 得益于通用引物
内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
Chromosome-Scale Genome Assembly and Annotation Method of Endophyte
Fusarium
Authors:
单晓亮
袁志林
and
date:
06/01/2021,
view:
3256,
Q&A:
0
同样,通过BLAST搜索鉴定了F. pseudograminearum中的3个短Scaffold为
线粒体
基因组
,总GC含量为34.6%,进一步分别比较它们的同种镰刀菌
线粒体
基因组
时,发现这两株内生镰刀菌
线粒体
基因组
都显示出大于 ,大小为136406 bp;假禾谷镰刀菌中的3个短Scaffold为
线粒体
基因组
,大小为136045 bp。 通过BLAST搜索鉴定了F. culmorum中的2个短Scaffold为
线粒体
基因组