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利用动物基因组二代测序数据拼接线粒体基因组的方法
Protocols for Extraction and Assembly Mitochondrial Genomes from Animal Whole Genome Next-generation Sequencing (NGS) Data
Authors:  宋梦洹严超超, 李家堂 and date: 08/31/2022, view: 4585, Q&A: 1
... 一、概述线粒体DNA作为一种通用标记，具有母系遗传、进化速率较快等特点，因此广泛应用于系统发育研究、生物多样性研究、群体遗传学研究及其他演化生物学相关研究领域(Avise, 1995 and 1998;
群体历史推断方法
The Methods for Inferring Population History
Authors:  刘俊锋季现超, 陈华 and date: 04/21/2021, view: 14675, Q&A: 0
扩散方法是对离散世代中进化的离散个体的群体遗传学的连续近似。一个重要的基本假设是等位基因频率的每代变化很小。因此，当有效群体数量Ne大且迁移率和选择系数为1?N时，适用扩散近似。 在群体遗传学研究中，SFS为基因组中任何随机多态性位点上突变基因频率的采样分布：在一个种群的有限随机样本的所有基因座中，根据衍生等位基因 (derived allele，即突变的等位基因) 的频率对多态性基因座进行分类 群体历史模型 (A) 群体大小不变；(B) 群体大小指数
简化基因组测序在群体遗传进化分析中的应用
Application of Reduced-representation Genome Sequencing in Population Genetic and Evolutionary Studies
Authors:  吕佳刘平平, 王师 and date: 08/05/2021, view: 4824, Q&A: 2
该技术已经被广泛应用于高精度遗传图谱绘制、重要性状遗传解析、群体遗传学分析以及全基因组选择等研究方向。 通过上述分析流程获得群体多态性SNP标记信息可以应用于群体多样性分析、群体结构分析以及系统发生树的构建等。 两个群体结构主成分分析显示2.2群体结构分析 用structure软件 (verison 2.3.4) 进行群体结构聚类分析。 采用Arlequin 2.0 软件群体内核群体间的遗传变异进行分子变异分析 (
物种树构建后的基因渗入检验方法
Methods of Detecting Introgression after Species-tree Construction
Authors:  丁颖纪繁迪, 黄华腾 and date: 02/10/2022, view: 9378, Q&A: 1
... 基因渗入的具体模型可以是群体遗传学的经典基因流模型：一个群体的基因拷贝在每一代中有一定比例迁移到另一个群体中，这种迁移将持续一段时间 (Hey and Nielsen, 2004; Nielsen and (B) 和 (C) 中两个溯祖事件都发生在三个物种的共同祖先群体中 (实心圆点)，(A) 中一个溯祖事件可能发生S_1和S_2的共同祖先群体 (空心圆点)。 输入的基因树可以仅有拓扑结构，也可以包含枝长信息 (需要以有效群体大小为单位的等距基因树)。 因此，两