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基于荧光染料的珊瑚共生菌的群落组成及表型检测
Community Composition and Phenotypic Detection of Coral Symbiotic Bacteria Based on Fluorescent Dyes
Authors:  卢余盛钟春莲, 贾力, 陈建明 and date: 11/20/2019, view: 3394, Q&A: 0
通过流式细胞仪可以对珊瑚的生长状态及寄生的各种生物进行详细的分析和群落分选，有助于早期发现珊瑚白化状态 (Rosental 等，2015)。图1. c.将b图中未分群细胞进一步研究，在488和633激发光下，又将细胞分为6个群落。d.将c中箭头所示细胞群依据FSC分为2个细胞群 (Krediet 等，2015)。 流式细胞仪分析珊瑚细胞群落. a.横坐标为前向散射光(Forward scatter, FSC)，主要体现检测细胞的大小，纵坐标为侧向散射光(Side scatter,
基于16S rRNA测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析
Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR
Authors:  黄珊珊马丽媛, 刘学端 and date: 04/13/2021, view: 2522, Q&A: 0
16S rRNA基因测序技术为微生物群落的组成及多样性研究提供了强有力的工具，能够识别已知和未知物种，但通常只能鉴定至属水平(Lukhele et al., 2019)。 群落组成分析3.1高通量测序1)和806R(5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′)扩增DNA样本的16S rRNA基因V4区，PCR反应条件为：94 °C预变性5 min后，进行28个循环 因此，在16S rRNA测序的基础上，联合RT-qPCR技术精确定量Acidithiobacillus属的不同功能类群，能够更加全面揭示浸出过程中
植物根际土壤样品的非破坏性连续采集
Nondestructive Continuous Collection of Plant Rhizosphere Soil
Authors:  付蕊欣谷益安, 韦中, 徐阳春 and date: 04/13/2021, view: 5349, Q&A: 0
... 结果与分析不同生长阶段健康和发病植株相关土壤细菌群落结构组成差异结果： 基于非权重UniFrac距离矩阵的主坐标分析显示，健康和发病番茄具有特异性的起始土壤细菌群落组成，即初始土壤细菌群落能依据番茄的最终健康状态形成显著不同的聚类 不同生长时期健康和发病番茄植株相关土壤细菌群落结构组成差异.（A-E）Healthy，健康植株相关土壤细菌群落；Diseased，发病植株相关根际土壤细菌群落。 研究发现许多植物病害
土壤动物肠道微生物样本采集及分析方法
Methods for Collection and Analysis of Gut Microbiota in Soil Animals
Authors:  郝操龚鑫, 朱冬, 吴东辉 and date: 01/05/2023, view: 1992, Q&A: 0
... PERMANOVA (adonis test) 用于检验不同组间或样品间微生物群落结构的差异情况以及不同分组对微生物群落结构影响程度。微生物群落组成情况可以使用堆积图或热图展示。 目前，土壤动物肠道微生物多样性和群落组成及其驱动机制，群落内物种共存机制和群落构建的理论研究是土壤动物肠道微生物多样性领域研究的前沿 (Berg et al., 2016; Gong et al., 2018 GeneAmp? 9700)制胶槽凝胶成像系统荧光投射切胶
蚯蚓的野外采集、标本制作和群落分析流程
Protocols of Field Collection, Specimen Preparation and Community Analysis of Earthworms
Authors:  刘满强胥毛刚, 孙静, 王定一, 祁小旭, 蒋际宝, 胡锋 and date: 11/05/2022, view: 3282, Q&A: 0
在获取蚯蚓群落组成等相关信息后，需借助多种现代数据分析手段尤其是利用多元数据统计技术对蚯蚓群落进行系统分析，主要包括群落组成的相似性和差异性、群落物种或性状的多样性信息和生物指示者的筛选，以便更全面地表征蚯蚓群落组成 初步的调查目标包括群落的物种组成、数量特征和分布等量化指标，这些指标看似简单，实则突破了以往生物学学科单纯以蚯蚓标本获取和物种鉴定为目标的约束，当前则更多地考虑了蚯蚓的功能组成和指示土
原核微生物群落随机性和确定性装配过程的计算方法
Calculation Method for Stochastic and Deterministic Assembly Processes of Prokaryotic Communities
Authors:  赵维王兴彪, 侍浏洋, 朱婉瑜, 马磊, 王敬敬, 徐松, 杨榕, 张小霞, 韩一凡, 黄志勇 and date: 03/25/2021, view: 8695, Q&A: 0
系统发育群落组成的计算参数 针对单个群落，使用净关系指数 (NRI) 和最近分类单元指数 (NTI) 来反映物种集聚的谱系结构。 .，2018)中的方法对微生物群落进行16S rRNA序列分析获得样品的群落组成和系统发育关系树，对应的两个文件分别为OTU表格out_table.txt，和树文件rep_set.tre。 18个样品的物种组成数据已上传至前文地址。 对于原核微生物群落而言，环境中的微生物种类只能尽最大的可能通过高通量、高分辨率
淡水浮游细菌群落采集、过滤与保存
Sampling, Filtration and Storage of Freshwater Bacterioplankton Community
Authors:  续子杰肖鹏, 杨义刚, 杨军 and date: 04/29/2021, view: 2865, Q&A: 0
两类细菌在群落组成和生态功能等方面存在显著差异，我们有必要分别进行研究。水体中浮游细菌数量虽然很高，过滤富集是最常见的一种方法。本文以深水水库为例介绍淡水水体中浮游细菌群落采集、过滤富集及保存方法。 浮游细菌浮游细菌是水体中营浮游生活的原核生物，具有极高的物种多样性，是淡水和海洋生态系统的重要组成部分，在物质循环过程中发挥关键作用。绝大多数细菌细胞 (个体)大小为0.2–2 μm。 3.3浮游细菌整体群落富集 1) 使用镊子将0.22 μm聚碳酸酯滤膜置于玻璃砂芯滤芯中央