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应用Biacore技术检测Hnt3蛋白与双链DNA的亲和力
Application of Biacore Technology to Detect the Affinity of Hnt3 Protein to Double-stranded DNA
Authors:  刘雪静高靓, 朱德裕, 曹鹏, 龚勇, 陈媛媛 and date: 10/18/2023, view: 1228, Q&A: 0
由于Hnt3与DNA的互作属于快结合快解离，因此选择“Steady State Affinity”模型。 H138、S142突变成Ala，亲和力为11.05和16.94 μM，变化不大，说明这两个氨基酸不是Hnt3与DNA互作的关键氨基酸。 结合曲线显示Hnt3与DNA属于快结合快解离，不需要再生，进样时间设置60 s即可。摸索实验浓度梯度：选择构建的突变体是在结构中Hnt3与DNA有互作的氨基酸，推测会造成亲和力的
利用SPR技术高通量筛选蛋白互作活性小分子
High-Throughput Screening for Small Molecules Interacting with Targeted Protein by SPR Technology
Authors:  刘伟谢华彬, 王烁英, 慈云青, 许超, 兰姝珏, 陈铭 and date: 03/06/2025, view: 1810, Q&A: 0
相比其它分子互作筛选体系而言，基于SPR技术的高通量筛选体系主要缺点是其筛选成本相对较高。但其高灵敏度性能以及宽广的可适用范围是其它分子互作筛选体系目前未能超越的。 以筛选靶标蛋白互作小分子化合物为例，图1展示了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心化学生物学技术平台创建的利用Biacore 8K仪器发现与靶标蛋白互作小分子化合物的高通量筛选完整流程。 作为分子互作的金标准，表面等离子共振目前已先后被美国药典、日本药典及
凝胶阻滞(EMSA)
EMSA Protocol
Authors:  王鹏杨莹, 余四斌 and date: 03/15/2018, view: 20655, Q&A: 2
与DNA互作的粗体蛋白和纯化蛋白的浓度在随着实验进行，需要被优化。因为过多或者过少的蛋白浓度都会对信号结果的读取产生影响。 如果该添加剂对DNA的特异性或者蛋白-DNA的稳定性有帮助。DNA和蛋白的互作稳定性受到孵育缓冲液里的盐浓度和pH的影响。因此可以尝试不同的缓冲液 (Hellman and Fried, 2007)。 甘油α 32P dCTP MgCl2 NaClEDTADTT甘氨酸 (Glycine)BSA分离胶 (见溶液配方)10x bind
利用表面等离子共振成像技术高通量筛选表观遗传相互作用
High Throughput Screening of the Epigenetic Interactome by Surface Plasmon Resonance Imaging (SPRi)
Authors:  常卿李文奇 and date: 08/06/2021, view: 2428, Q&A: 0
... SPRi高通量筛选中己知阳性互作的验证 (a) JARIDIA．ZCWPWl，JMJD2A和HPI的结合曲线。 感谢清华大学结构生物学高精尖创新中心的经费支持和蛋白质研究技术中心蛋白质制备与鉴定平台提供仪器支撑服务。参考文献Zhao, S., Yang, M., Zhou, W. F., Zhang, B.
基于SPR技术的重组蛋白SSRP1和丙酮酸钠之间的亲和力检测
Detection of the Affinity between Human Recombinant Protein SSRP1 and Sodium Pyruvate Based on SPR Technology
Authors:  吴萌吴思杨, 兰姝珏, 杨巍维, 陈铭 and date: 05/05/2025, view: 949, Q&A: 0
... 去离子水仪器设备超纯水制备系统（Thermofisher，型号：GenPure Pro UF）过滤装置（其林贝尔，型号：GL-802A）冷冻型离心机（Thermofisher，型号：Fresco 17）分子互作检测设备 在DNA发生双链断裂损伤时，组蛋白H2AX会迅速发生磷酸化修饰形成γH2AX，并定位于DNA损伤位点，进而招募DNA损伤修复蛋白促进DNA损伤修复过程[4]。 通过CM 7芯片，氨基偶联方法，根据蛋白质的等电点选择合适pH条件的醋酸钠溶液预偶联。
动物微生物单细胞转录组分析工具：现状与未来发展方向
Authors:  赵李頔涵房楠楠, 王恺毅, 王海燕, 闫利平, 高云云 and date: 11/25/2025, view: 245, Q&A: 0
... 下游分析包括聚类、批次效应矫正、功能簇识别、细胞互作、伪时间轨迹和功能富集。 微生物单细胞互作分析依赖于功能注释和物种标注的精确性。例如 MscT 使用SPIEC-EASI构建稀疏逆协方差网络，识别生态关联，并通过Gephi可视化 细胞单位间的交互。 ，结合SortMeRNAv4.3.4 [93]、STAR、featureCounts、UMI-tools构建矩阵，Seurat v4进行聚类，最终用blastnv2.12.0[94] 预测宿主-噬菌体互作 高质量基因矩阵导入Seur
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4334, Q&A: 0
... 在涉及“功能（function）”研究的时候，生命科学各领域的研究还会大量涉及“适应（adaptation）”这个话题；在涉及不同类群、不同结构、不同遗传系统之间的关联研究的时候，还会大量涉及“协同”和“互作 目前对于高级阶元分子系统发育研究主要步骤的一般认知 主要步骤一般认知分类单元选取内群比较完整， 外群中至少要包括内群的姊妹群整理直系同源基因核基因或线粒体rDNA， 线粒体蛋白质编码基因手动整理核基因蛋白质编码基因从 的化石类群被发现，大都会引起广泛关注，其背后的原因主要在于相关化石的发现和研究可以大大拓展人