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利用RNA免疫共沉淀以及RT-qPCR实验验证MDA-MB-231-LM2细胞中LDHA蛋白与非编码RNA LINC00973的相互作用
Detecting the Interaction between non-coding RNA LINC00973 and LDHA Protein in MDA-MB-231-LM2 Cells by RNA Immunoprecipitation and RT-qPCR
Authors:  朱林王会丽, 王栋 and date: 09/27/2022, view: 1640, Q&A: 0
二、 RNA结合蛋白免疫共沉淀取30 μl Protein A+G磁珠，用1 ml 1x RIP (25 mM Tris-HCl (pH = 7.5)，100 mM NaCl，0.5% NP-40，1 相比于其他基于蛋白去鉴定互作RNA的技术，如CLIP-seq等，RIP实验具有实验流程短、操作简便易上手、花费少等优点，是我们研究蛋白质与RNA互作常用的技术。 本文结合我们实验室已发表的文章，通过利用RIP技术验证在乳腺癌细胞系MDA-MB-231-L
R-ChIP: 利用失活RNase H1来构建全基因组范围内 R-loop图谱的文库
R-ChIP: Genome-wide Mapping of R-loops by Using Inactive RNase H
Authors:  江翱张显红, 周宇, 陈加余, 陈亮 and date: 09/15/2022, view: 2197, Q&A: 0
... K562细胞超声30 min 片段大小分布在100-400 bp免疫共沉淀。步骤5得到的上清用Nanodrop A280测定蛋白浓度，并用TE buffer将不同样品的蛋白浓度调至一致。 基于以上问题，我们利用不同原理开发了新的基因组R-loop定位技术。 现阶段定位基因组中R-loop的方法主要是依赖S9.6抗体的DRIP-seq以及多种衍生技术 (Xu et al., 2017)。 定量PCR验证已知R-loop富集区域，查看免疫沉淀效果。图3. 293t细胞富集R-loop的R-ChIP-q