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利用动物基因组二代测序数据拼接线粒体基因组的方法
Protocols for Extraction and Assembly Mitochondrial Genomes from Animal Whole Genome Next-generation Sequencing (NGS) Data
Authors:  宋梦洹严超超, 李家堂 and date: 08/31/2022, view: 4558, Q&A: 1
-n 选项是截取二代测序数据中的一部分（截取reads数目）来运行程序，在以往的测试中证明，二代测序数据量较大时，其中的一部分数据对于组装线粒体基因组已经足够。 动物全基因组二代测序数据，通常同时包含线粒体及核基因序列。 其中，二代测序技术产生的数据为利用生物信息学方法直接从数据中提取并组装线粒体基因组提供了重要的数据支撑。 二
基于二代全基因组测序的快速基因组组装技术流程
Technical Process of Rapid Genome Assembly Based on NGS Whole-genome Sequencing
Authors:  杜诗雨丁银环, 张峰 and date: 07/15/2021, view: 6572, Q&A: 1
NCBI数据库已公开发表的二代全基因组测序原始数据，具体数据信息见Zhang et al., 2019。 本文提出了一套基于二代全基因测序的快速基因组组装流程，它整合了一系列快速、高效的生物信息工具，可以从低深度测序的原始数据中快速组装基因组。 研究背景近年来，二代 (高通量) 测序技术的快速发展以及测序成本的降低，为基因组数据的获 取提供了便利，也使得它目前已经
基于高通量测序的全长DNA条形码获取方法
Methods for Obtaining Full-length DNA Barcodes Using High-throughput Sequencing
Authors:  杨琛涛周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 08/25/2021, view: 5261, Q&A: 0
基于二代测序数据的条形码获取- HIFI-Barcode-Hiseq/MGISEQ 获取每个PCR板的二代测序数据后，分别对两份数据进行分析。 基于三代测序数据的条形码获取- HIFI-Barcode-PacBio 三代测序技术具有较长的读长，可以直接获得全长条形码序列，但由于三代测序技术的错误率较二代测序更高，因此需要对数据进行比较过滤后再获取
内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
Chromosome-Scale Genome Assembly and Annotation Method of Endophyte Fusarium
Authors:  单晓亮袁志林 and date: 06/01/2021, view: 3256, Q&A: 0
... Illumina和PacBio测序流程图图1展示了第二代测序Illumina和第三代测序PacBio技术的测序流程，结合二代和三代测序数据进行了高质量的基因组组装。图 2. 在基因组组装前，为了用测序所得的read信息估计基因组特征，我们使用二代测序数据基于K-mer的分析方法来估计基因组大小和杂合率等基本信息。 因为三代Pacbio 数据有很高的错误率，
高质量基因组组装
High-Quality Genome Assembly
Authors:  王忠凯黎浩榕, 李永鑫 and date: 08/25/2021, view: 8553, Q&A: 0
... 基于PacBio单分子测序的基因组组装策略有以下几类：1) 三代测序数据深度较低 (<5x) 时，通常以二代测序数据基因组组装的contig之间的骨架为草图，低深度三代测序数据辅助补洞 (gap 虽然组装软件会进行纠错，但是其组装结果的单碱基准确率仍然不及二代测序数据的组装结果。因此，通常会利用二代短片段文库测序reads对三代基因组组装结果进行纠错
基于二代转录组数据的可变剪接和可变多聚腺苷酸化分析
Analysis of Alternative Splicing and Alternative Polyadenylation Patterns Based on Transcriptome Data by Next Generation Sequencing
Authors:  黄雪娜战爱斌 and date: 09/23/2021, view: 5362, Q&A: 0
因此，基于大量积累的二代转录组测序数据，选择合适的分析工具进行可变剪接研究是目前较为常见且可行性较高的研究手段，例如，基于二代测序转录组分析结果表明可变剪接是北极红点鲑 (Salvelinus alpinus 然而，由于三代测序相较于二代测序通量低且成本高的特点，三代测序技术尚未全面开展应用，尤其是在生态进化领域中以群体为研究对象的大样本研究中。 传统的二代测序以通量高、读长短为特点，难以获得完整的
An Analysis Pipeline for Identification of RNA Modification, Alternative Splicing and Polyadenylation Using Third Generation Sequencing
使用第三代测序鉴定 RNA 修饰、可变剪接和多聚腺苷酸化的分析流程
Authors:  Yuxiang LiufuXuqing Liu, Lin Wu, Hangxiao Zhang, Yubang Gao, Lianfeng Gu and date: 06/05/2022, view: 1375, Q&A: 0
... 随着第三代测序技术的快速发展，基于长读长测序的数据在揭示转录后调控方面具有很大优势（ Smith et al ., 2019） 。 ... 然而，这些错误可以通过提供二代测序读数在比对和组装的基础上得到纠正（Zhang et al ., 2020） 。 洛德克 ( Salmela and Rivals, 2014) (v0.9) ( https://gite.lirmm.fr/lordec/lordec-releases/-/wikis/home
利用基因组数据设计通用单拷贝核基因与超保守元件分子标记方法
Streamlining Universal Single-copy Orthologue and Ultraconserved Element Design Method from Whole Genome Sequencing
Authors:  丁银环杜诗雨, 张峰 and date: 07/30/2021, view: 4971, Q&A: 0
二、基因组组装 低深度二代测序的基因组组装建议使用Zhang et al. (2019) 的PLWS快速流程 (https://github.com/xtmtd/PLWS)，该流程可以从低深度测序的基因组数据中快速从头组装基因组 /arq5x/bedtools2) PHYLUCE v1.6.6 (http://phyluce.readthedocs.io/en/latest/index.html)实验步骤该部分主要指利用高通量二代测序原始数据或已发表的基因组 一、
基于二代测序的真菌基因组组装和注释
Assembly and Annotation of Fungal Genome Based on Illumina Sequencing
Authors:  马紫英吴琦, 周欣, 李宽, 蔡磊 and date: 03/25/2021, view: 8044, Q&A: 0
lineage-specific chromosomes” (Zhang et al., 2020) 中的二代数据 (SRX6453258) 和基因组 (GCA_009746015.1)，鉴于数据量较大 此份数据Adaper Content为绿色对勾，大部分reads在红色区域，表示此份数据已去掉接头，但测序质量不高。 六、 基因组de novo组装 二代数据的组装软件较多，如SPAdes，SOAPdenovo2，IDBA-UD，ALLP
miRNA-seq数据分析
miRNA-seq Data Analysis
Authors:  赵婧刘南 and date: 06/20/2019, view: 14822, Q&A: 1
v2.0.0) (Anders和Huber，2010)DESeq(v1.34.0) (Friedlander等，2012)R(v3.5.1)实验步骤注： 1) 本实验教程需要读者了解基本的linux命令行，二代测序原理等 图4. miRNA差异基因热图下游分析 目前进行miRNA测序数据分析，大多是要和mRNA测序数据关联来看。这里就涉及到了miRNA寻找对应的targets问题。 由于示例数据是没有重复的数据，所以我们采用DESeq对数据