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白蚁肠道优势厌氧菌的分离与培养
Isolation and Culture of Dominant Anaerobes from Termite Intestine
Authors:  杨英杰马小清, 李福利, 倪金凤 and date: 04/12/2021, view: 3770, Q&A: 1
为了分离到优势菌群，我们通过添加抗生素的方式，改变培养条件来抑制非选择性培养基中出现的优势菌落。 在添加诺氟沙星抗生素 (40 mg/L，在配制培养基的过程中添加，可耐高温灭菌) 的情况下，分离到了第二位优势菌群Dysgonomonas spp.(Yang et al.，2014)。 研究背景： 宏基因组学和功能基因的高通量测序彻底改变了人类对各类生态环境中微生物的组成和功能的认识和理解，特别是对人类和动物肠道微生物菌群
基于16S rRNA测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析
Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR
Authors:  黄珊珊马丽媛, 刘学端 and date: 04/13/2021, view: 2549, Q&A: 0
... 据报道，酸性矿山环境物种多样性相对较低，代表性优势类群约占微生物总量的90%，如既能氧化亚铁又能氧化硫的嗜酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)和硫化杆菌属(Sulfobacillus)，仅能氧化亚铁的钩端螺旋菌属 铁硫富集群落在黄铜矿浸出过程中优势属相对丰度在分别利用富铁少硫能源底物和富硫少铁能源底物驯化菌群(分别命名为Fe-O和S-O)进行黄铜矿浸出实验中，16S rRNA高通量测序结果表明，在各组中Acidithiobacillus 均为绝对优势
影响系统发育分析的昆虫共生菌Wolbachia筛查及分型方法
Screening and Typing of Symbiotic Wolbachia that Affects Insect Phylogenetic Analysis
Authors:  赵紫苗方洁, 沈利, 蒋韦斌 and date: 06/11/2021, view: 2804, Q&A: 0
mtDNA) 是动物体内唯一存在于核外的遗传信息载体，共价闭合的环状分子，结构简单，进化速率快，母系遗传（但有少量双亲遗传的案例已被证实），是研究低级分类单元较好的分子标记，已被广泛应用于多种动物类群的种群遗传结构 在种群水平上，研究发现Wolbachia的侵染可能会产生"选择性清扫" (selective sweep) 作用，即Wolbachia依赖自身的选择优势在寄主种群内迅速扩散，与其相关联的 二、Wolbachia菌的筛查与分型Wolbachia菌的特异性基因引物的PCR检测 实验采用25 μl的P
根际细菌群落资源利用网络的研究方法
Calculation of Trophic Network of Rhizosphere Bacterial Community
Authors:  杨天杰张潞潞, Alexandre Jousset, 韦中 and date: 04/23/2021, view: 3494, Q&A: 0
... 四、合成菌群的构建表3是由5株非致病菌构建的微生物群落包含了所有可能组合，包括从单一菌株至5株菌株，表示由低到高的物种多样性 (31种组合) 。 致谢 本项工作得到了国家自然科学基金 (41301262和41471213) 、国家“973”计划 (2015CB150503) 、江苏省自然科学基金 (BK20130677) 、江苏高校优势学科建设工程项目 合成菌群的构建菌株 编号QL-A2QL-A3QL-A6QL-117QL-140多样性110000120100013001001400
树木共生真菌菌株纯化及快速鉴定方法
Method for Purification and Rapid Identification of Tree Associated Symbiotic of Fungi
Authors:  韦焕深袁志林 and date: 05/11/2021, view: 3823, Q&A: 0
... 基于RPB2基因片段建立NJ进化树分析云南产气霉与炭角菌科相关类群真菌的系统发育关系 Bootstrap值> 50%显示在每个分支的节点上。 基于ITS基因片段建立NJ进化树分析云南产气霉与炭角菌科相关类群真菌的系统发育关系 Bootstrap值> 50%显示在每个分支的节点上 (袁志林，2010)。 如ITS作为真菌DNA条形码的主要优势在于其大小合适 (~500 bp)，引物通用性强，扩增成功率高，而且在GenBank等数据库中存有最多的DNA片段序列。 Creosphaeria
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 9996, Q&A: 0
... 1.3功能预测软件 通常情况下，扩增子分析只能获得菌群分类组成的信息，而功能信息由宏基因组研究较为准确。 因而现已开发出多种可用软件包来预测菌群潜在的功能信息，这种预测的原理是将16S rDNA序列或分类信息与文献中的功能描述联系起来 (Liu et al., 2020)。 一般情况下，16S扩增子分析只能得到菌群分类组成上的信息，但由于PICRUSt、Tax4Fun、FAPROTAX、BugBase等预测软件的出现，使得通过扩增子数据获得物种功能信息变成可能。 尽管近期开发出了
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4438, Q&A: 0
... 第二，在计算效率方面，最大似然法虽然不如最大简约法、但是比贝叶斯法有明显的优势。 ，由于细菌整体的单系性（monophyly）是确定的，细菌与古菌或者说细菌与古菌+真核生物之间的姊妹群关系也是确定的，而细菌内部门与门之间的关系存在很大的不确定性。 那么，外群选取应该至少包括古菌每个门各1个物种（注意在此情况下得到的古菌内部的门与门之间关系未必可靠），如果对于直系同源分子标记的数量并不造成太大困扰的话，还可以再包括一些真核生物物种（注意在此情况下得到的真核生物内部