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反刍动物消化道微生物CAZymes基因资源的挖掘与功能分析
Mining and Functional Characterization of CAZymes Derived from Gastrointestinal Microbiota in Ruminants
Authors:  王谦王佳堃, 孙小宝, 曹佳雯 and date: 03/25/2021, view: 3038, Q&A: 0
cDNA合成：以消化道微生物总RNA为模板，逆转录合成cDNA，反应体系与条件如下：Random Primer (25 pmol/μl)1 μl总RNA~1 μg加RNase Free Water至12
对虾养殖系统微生物组样品的采集与制备
Collection and Preparation of Microbiota Samples in Shrimp Culture System
Authors:  董鹏生黄雷, 王艳婷, 郭海朋, 张德民 and date: 02/25/2021, view: 3414, Q&A: 0
对虾消化道微生物组DNA提取。 高位池对虾消化道微生物样品的采集和制备对虾消化道组成。对虾消化道主要包括贲门胃、幽门胃、肝胰腺、中肠和后肠（图2）。图2. 凡纳滨对虾消化道组成图（改编自网络）对虾样品采集及前处理。 A：合格DNA样本，条带自左至右依次为5,000 bp DNA marker，水体样本、消化道样本、幼体样本和絮团样本的微生物基因组DNA；B：不合格样本的DNA失败经验取样过程中可能因样本微生物生物量过
幼龄反刍动物粪便DNA提取及注意事项
DNA Extraction from the Faeces of Young Ruminants
Authors:  王佳堃杨斌, 陈宏伟 and date: 03/10/2021, view: 2956, Q&A: 0
采用普通的粪便或消化道内容物DNA提取方法难以获得高质量、高纯度的粪便DNA，无法满足后续微生物多样性分析等测定要求。 致谢本实验方法改编自Zoetendal et al. (2006) 人类消化道微生物DNA的提取方法，感谢Zoetendal等的研究工作。参考文献Zoetendal, E. 为此，本文提供一种幼龄反刍动物粪便DNA的提取方法，旨在为幼龄反刍动物粪便微生物分析提供便利。 结果采用本方法提取了1-78日龄的犊牛粪便DNA，获得的DNA浓度为100-1300
猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析
The Collection of Gastrointestinal Content and Mucosa from Pigs for the Analysis of Microbial Community
Authors:  李佳彦李华, 罗玉衡 and date: 03/25/2021, view: 3134, Q&A: 0
短期或长期饲喂高水平豌豆纤维对猪盲肠微生物群落结构和代谢产物的影响. 再按胃、十二脂肠、空肠、回肠、盲肠、结肠等不同肠段分别进行两端结扎并分离各段消化道。 注意事项在采集胃肠道内容物和黏膜的过程中，分离各段消化道时，锡箔纸下方须垫冰袋，以保证采样过程的低温。 贝叶斯算法 (Version 2.2, http://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/) 对每个OTU中的所有序列进行分析和注释，在各分类水平统计样品的微生物群落组成 4.0.1) ade4、vegan、WGCNA、gg
瘤胃体外发酵过程中产气量与甲烷产量的检测
Determination of Gas and Methane Production in In vitro Ruminal Fermentation
Authors:  李与琦成艳芬, 朱伟云 and date: 04/23/2021, view: 2961, Q&A: 0
感谢加州大学 Haitjema等以及浙江大学胡伟莲等所做的研究工作，感谢南京农业大学消化道微生物研究室的其他师生，以上均对本实验方案的完成提供了很大的帮助。 将已经接种瘤胃微生物以及发酵底物的厌氧密闭发酵瓶从39 °C非厌氧恒温培养箱中取出，测定时用75%的酒精消毒发酵瓶顶部的橡胶塞。 本实验方案适用于厌氧发酵，在添加培养基的厌氧密闭发酵瓶中接种瘤胃微生物以及发酵底物，随后将发酵瓶放入39 °C恒温培养箱中模拟瘤胃环境进行发酵。 瘤胃微生物在降解底物的过程中产气，在发酵过程中检测发酵瓶中的产气量并分析气体
瘤胃微生物体外发酵过程与注意事项
The Process and Matters Needing Attention of in vitro Fermentation of Rumen Microorganisms
Authors:  周雅琦成艳芬, 朱伟云 and date: 04/12/2021, view: 3557, Q&A: 0
感谢Menke对瘤胃微生物体外发酵所做的研究工作，为本次实验提供了很大的帮助。 感谢导师成艳芬教授一直以来对我的支持和耐心的指导。 感谢南京农业大学消化道微生物研究室的师生在我实验过程中对我的帮助。
海洋生物被膜的采集与宏基因组样品的制备
Marine Biofilm Collection and Metagenomics Sample Preparation
Authors:  张杰秦澎, 张伟鹏 and date: 08/20/2024, view: 1538, Q&A: 0
... 再用75%酒精擦拭消化道外侧的血液，用0.9%的生理盐水反复冲洗腹腔部位数遍。用解剖剪分离出消化道并剪短，剪至1 cm长的小段，并存放于2 mL的离心管中。注意保留消化道内容物。 微生物组DNA的提取：实验室内将样品在4 ℃解冻后，低速（1,000 rpm，10 min）离心去除DNA提取缓冲液。 将离心管安装在Vortex-Genie 震荡仪上以最大功率震荡10 min（也可用涡旋仪或手动震荡），使棉棒上的微生物细胞充分震落至无菌海水中。 将含有生物被膜微生物的海水转移至新的无
猪肠道微生物样品的采集与核酸提取
Preparation and Nucleotide Extraction of Samples from the Pig Digestive Tract
Authors:  伍师哲刘沫言, 宋庆庆, 成艳芬, 朱伟云, 戴兆来 and date: 04/23/2021, view: 3620, Q&A: 0
十三五”重点研发计划（2017YFD0500501）、国家自然科学基金面上项目（32072689）、国家重点基础研究计划（2013CB127303）、国家自然科学基金青年基金（31301979）以及动物消化道营养国际联合研究中心开放课题的资助 屠宰采样可以同时研究不同肠段和不同部位的微生物变化，但不能考察同一猪只的肠道微生物的时间变化规律；肠瘘管采样可研究特定肠段微生物的组成与代谢的时间变化规律，但无法研究不同肠段和部位的微生物的变化规律。 猪粪样和肠道微生物样品的核酸提取 注：收集的粪