超保守元件的搜索结果

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利用基因组数据设计通用单拷贝核基因与超保守元件分子标记方法
Streamlining Universal Single-copy Orthologue and Ultraconserved Element Design Method from Whole Genome Sequencing
Authors:  丁银环杜诗雨, 张峰 and date: 07/30/2021, view: 5055, Q&A: 0
单拷贝核基因和超保守元件是系统学界广泛应用的系统发育基因组学标记，并已被应用于多种生物的不同分类阶元。 此外，可用的超保守元件探针只存在于几个较大的昆虫目中，如鞘翅目、双翅目、半翅目和膜翅目 (https://www.ultraconserved.org/)。 基因组数据设计通用单拷贝核基因与超保守元件分子标记流程图三、基因组注释重复序列屏蔽。基因组中的重复序列会导致BLAST的结果出现假阳性，增加基因结构预测的计算压力，甚至影响注释
基于二代全基因组测序的快速基因组组装技术流程
Technical Process of Rapid Genome Assembly Based on NGS Whole-genome Sequencing
Authors:  杜诗雨丁银环, 张峰 and date: 07/15/2021, view: 6681, Q&A: 1
... PLWS中script1_Genome_assembly1.sh成功地快速组装了基因组，并用于后续通用单拷贝核基因 (Universal Single-Copy Orthologs, USCOs) 和超保守元件...
基于反应元件的调控因子筛选——双荧光报告基因法
Dual Fluorescence Reporter-based siRNA Screening of Transcription Regulators of Response Elements
Authors:  郝子健李正威, 杨凡, 胡荣贵 and date: 07/26/2021, view: 4187, Q&A: 0
比如，雌激素(estrogen)受体结合的反应元件简称为ERE，甲状腺激素(thyroid hormone)受体结合的反应元件简称为TRE等。 超净台A开紫外照射10 min。10 min后，将384孔板由超净台B转移到超净台A中，压住384孔板的边缘避免晃动，从一侧缓慢撕除覆盖的膜，将板盖盖好。用泵吸除每块板的第2列和第19列中的液体。 离心式自动洗板机 (BlueCatBio, BlueWasher)实验步骤注：细胞中存在的一些信息分子（比如雌激素，cAMP，甲状腺激素等），当它们和对应的受体结合时，
基于混合PCR产物制备捕获探针的基因组捕获方法
Genome Sequence Capture Based on Pooled PCR-generated Baits
Authors:  张 圆梁 丹, 张 鹏 and date: 03/10/2021, view: 4091, Q&A: 0
... 目前已经有学者提出多种策略试图解决上述问题，比如：使用高度保守的基因组区域设计探针，如锚定序列捕获 (anchored enrichment, AHE) 和超保守序列元件捕获技术 (ultraconserved element, UCE)，由于目标区域高度保守，探针在远缘类群中也有较高捕获效率，但与此同时，高度保守的目标区域难以为系统发育研究提供充足信号，信号大多来自捕获过程中随机获得的侧翼序列 (flanking 另一种策略是直接针对保守度较低的外显子区域设计
RMD水稻突变体信息及基因型鉴定
Introduction of RMD (Rice Mutant Database) and Genotyping of Rice Mutant
Authors:  李燕龙湍, 吴昌银 and date: 03/16/2018, view: 9288, Q&A: 0
... 此外，在T-DNA区段构建Gene trap、Enhance trap等元件后，还可通过检测报告基因来反映靶位点基因的表达模式。 研究发现，T-DNA两端存在非常保守的同向重复的25bp序列，分别称为左边界(LB)和右边界(RB)。T-DNA的转移只与边界序列相关，尤其是RB，而与T-DNA区段的其它基因或序列无关。 载体左端测序引物：NTLB5 5’>AATCCAGATCCCCCGAAT TA<3’载体右端测序引物：PFRB4 5’>TGCAGGTTCTCTCCA AAT<3’仪器设备PCR仪移液器超净
内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
Chromosome-Scale Genome Assembly and Annotation Method of Endophyte Fusarium
Authors:  单晓亮袁志林 and date: 06/01/2021, view: 3355, Q&A: 0
... 基于PacBio测序数据，我们使用MECAT2来进行基因组的组装.MECAT2是一个超快速的准确比对，误差校正、组装工具。 其中串联重复序列包括有微卫星序列，小卫星序列等等；散在重复序列又称转座子元件，包括以DNA-DNA方式转座的DNA转座子和反转录转座子(retrotransposon)。 Fungi odb10数据库 (v.4.0.6) 对基因注释和基因组组装质量进行评估，结果显示Class2-1B和Class2-1C的基因注释和基因组组装质量分别为98.8%和99.1% (总共搜索了758个保守核心蛋白...
16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
The Application Status of Commonly Used Software and Database in 16S Amplicon Analysis
Authors:  杨潇瀛张浩林, 韩莹莹, 翁强, 袁峥嵘 and date: 04/23/2021, view: 10107, Q&A: 0
... ，因在功能结构上具有高度的保守性，常被用于微生物分类研究的标志物(吴悦妮等，2020)。 张军毅, 朱冰川, 徐超, 丁啸, 李俊锋, 张学工 and 陆祖宏 (2015). 基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略. 应用生态学报 26(11): 3545-3553. 但对于V区的选择没有统一标准，研究者可根据研究目的、生境条件、可变性、保守性、连续性、可比性等因素综合选择合适的V区 (张军毅等，2015)。 氧的利用 (oxygen utilizing)、氧化胁迫耐受 (oxidative stress tole