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An Analysis Pipeline for Identification of RNA Modification, Alternative Splicing and Polyadenylation Using Third Generation Sequencing
使用第三代测序鉴定 RNA 修饰、可变剪接和多聚腺苷酸化的分析流程
Authors:  Yuxiang LiufuXuqing Liu, Lin Wu, Hangxiao Zhang, Yubang Gao, Lianfeng Gu and date: 06/05/2022, view: 1387, Q&A: 0
... 随着第三代测序技术的快速发展，基于长读长测序的数据在揭示转录后调控方面具有很大优势（ Smith et al ., 2019） 。 ... reads对三代测序长reads进行纠错的工具。 LoRDEC使用高精度 NGS 数据构建de Bruijn Graph (DBG)，用于纠正来自 PacBio 或 Oxford
基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究
Analysis of Fungal Community in Mangrove Sediments Based on PacBio SMRT Sequencing
Authors:  张志峰李猛 and date: 04/23/2021, view: 3307, Q&A: 0
系统发育注释 (可选) 相比于二代测序而言，三代测序获得的更长的微生物maker基因序列可以获得更为精确的注释结果。 由于三代测序所需DNA量较大，PCR扩增体系可选择30 μl，其中包含1.5 U polymerase，3 μl buffer，150 μM dNTPs，正反向引物各0.12 μM，2-10 ng DNA 使用Enzyme Clean Up Kit对测序文库进行纯化。将测序引物退火结合至PCR产物文库，并将DNA 聚合酶结合测序
高质量基因组组装
High-Quality Genome Assembly
Authors:  王忠凯黎浩榕, 李永鑫 and date: 08/25/2021, view: 8574, Q&A: 0
... filling) 和提升基因组；2) 三代测序深度居中 (5-50x) 时，可以进行二代三代混合组装，以三代组装结果为草图，二代reads辅助纠错；3) 三代测序深度较高 (>50x) 时，可以进行纯三代 基于PacBio单分子测序的基因组组装策略有以下几类：1) 三代测序数据深度较低 (<5x) 时，通常以二代测序数据基因组组装的contig之间的骨架为草图，低深度三代
基于高通量测序的全长DNA条形码获取方法
Methods for Obtaining Full-length DNA Barcodes Using High-throughput Sequencing
Authors:  杨琛涛周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 08/25/2021, view: 5283, Q&A: 0
基于三代测序数据的条形码获取- HIFI-Barcode-PacBio 三代测序技术具有较长的读长，可以直接获得全长条形码序列，但由于三代测序技术的错误率较二代测序更高，因此需要对数据进行比较过滤后再获取全长条形码数据 注：由于三代测序所需的DNA质量和总量都比较高，所以三代测序可能需要3-4管 (96 μl/管)。 3.3HIFI-Barcode-SE400 SE400测序。
内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
Chromosome-Scale Genome Assembly and Annotation Method of Endophyte Fusarium
Authors:  单晓亮袁志林 and date: 06/01/2021, view: 3278, Q&A: 0
... Illumina和PacBio测序流程图图1展示了第二代测序Illumina和第三代测序PacBio技术的测序流程，结合二代和三代测序数据进行了高质量的基因组组装。图 2. 因为三代Pacbio 数据有很高的错误率，所以在使用三代 Pacbio 数据完成组装之后，依然存在少量的Indel，需要将二代测序clean数据用bwa比对到mecat的组装结果上，结合比对结果文件，用 .，2018)仪器设备三代
Quality Control and Preprocessing of Sequencing Reads
测序读数的质量控制和预处理
Authors:  Zhiqiang HaoXiaojuan Liang, Guanglin Li and date: 07/05/2022, view: 3070, Q&A: 0
... 尽管这些工具被广泛用于下一代序列的短读长，性能良好，但它们的应用仅限于三代测序产生的长读长，除了用于质量控制的FastQC 。本研究中使用的代码或命令有助于新学习者理解这些工具。 ... 测序平台是 Illumina Hiseq 2000 配对末端测序。 FastQC
基于二代转录组数据的可变剪接和可变多聚腺苷酸化分析
Analysis of Alternative Splicing and Alternative Polyadenylation Patterns Based on Transcriptome Data by Next Generation Sequencing
Authors:  黄雪娜战爱斌 and date: 09/23/2021, view: 5375, Q&A: 0
... 然而，由于三代测序相较于二代测序通量低且成本高的特点，三代测序技术尚未全面开展应用，尤其是在生态进化领域中以群体为研究对象的大样本研究中。 最新的三代测序技术可获得长达25-30 kb的超长读长序列，能够直接获得完整的转录本，进而更准确地开展转录本多样性研究。 例如，利用MinION纳米孔测序仪对非小细胞肺癌组织进行全长转录本测序，成功鉴定到癌细胞中的异常剪接转录本，对评估中肿瘤免疫反应具有重要作用，然而这些异常转录本在之前利
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:  付伟武慧, 陈保冬 and date: 04/22/2021, view: 6471, Q&A: 0
只能使用PacBio三代测序平台，成本较高，数据分析要求较高。 此外，还可以联合SSU、ITS和LSU三个区域，使用PacBio三代测序平台开展AM真菌多样性研究，此方法极大的提高了相关研究在AM真菌低分类水平下的区分度，可以在种水平上考察AM真菌的群落变化 (Krüger PCR产物经纯化、混样 (等摩尔浓度)、建库后，使用Illumina MiSeq PE300进行双端测序，测序深度建议大于10,000条reads。扩增与测序也可交由测序服务商进行
基于DNA宏条形码的水体浮游细菌群落测序建库方法
Library Construction for DNA Metabarcoding of Bacterioplankton Communities in Waters
Authors:  肖鹏续子杰, 杨军 and date: 04/27/2021, view: 2381, Q&A: 0
小于580 bp，建议选用二代 Illumina PE300测序；如果PCR产物大于580 bp，建议选用三代PacBio测序。 DNA测序策略 根据PCR产物 (目标DNA片段) 的大小，选择合适的测序策略进行高通量测序。 如果DNA片段全长小于280 bp，选用二代Illumina PE150测 序；如果DNA片段大于280 bp、小于480 bp，选用二代Illumina PE250测序；如果DNA片段大于480 bp 浮游细菌群落建库测序中所用