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一种高效、低成本、可扩展的合成菌群构建方法
An Efficient, Low-cost and Scalable Method for Constructing a Thousand of Synthetic Communities (SynComs)
Authors:  田箐韵师鑫, 李自枭, 陈钧婷, 胡雅涵, 吕达, 吴书凤, 张志鹏, 吴尘聊, 何佳琪, 万艳红, 陈彦昭, 蔡鹏, 徐志辉, 高春辉 and date: 09/05/2024, view: 2683, Q&A: 0
适用于构建合成菌群样品信息表格的Shiny程序。 以10个菌株为例，穷尽式构建合成菌群时含有不同物种数目的合成菌群的组合数目。推广开来，若设n个菌株构建得到的全部可能合成菌群组合数目为N，则由二项式定律，可推得该数目的值等于2的n次方（公式2）。 这就为我们合理规划构建合成菌群过程中的加样顺序提供了重要指引。 为了满足特定的研究需要，有时有必要穷尽式的构建
矿区先锋植物根内生促生菌的高效分离与群落稳定构建
The Efficient Isolation of Growth-Promoting Endophytic Bacteria from Pioneer Plants in Mining Areas and the Stable Construction of Microbial Communities
Authors:  高寒冰何晓, 贾沃, 郭朝晖, 徐锐 and date: 11/08/2024, view: 2219, Q&A: 0
本方法用来探究非挥发性代谢物质对菌群的影响。 合成菌群的构建则根据以上结果进行综合判断，按照菌OD600 = 0.5，体积比为1:1的结果来进行构建。 选择互利共生的菌株构建合成菌群进行进一步实验。本方法用来探究挥发性物质对菌群的影响（图4）。图 4. 因此，如何选择功能互补且稳定的菌群成员并构建有效的SynCom成为当前研究的
根际细菌群落资源利用网络的研究方法
Calculation of Trophic Network of Rhizosphere Bacterial Community
Authors:  杨天杰张潞潞, Alexandre Jousset, 韦中 and date: 04/23/2021, view: 3467, Q&A: 0
... 四、合成菌群的构建表3是由5株非致病菌构建的微生物群落包含了所有可能组合，包括从单一菌株至5株菌株，表示由低到高的物种多样性 (31种组合) 。 合成菌群的构建菌株 编号QL-A2QL-A3QL-A6QL-117QL-140多样性1100001201000130010014000101500001161100027101002810010291000121001100211010102120100121300110214001012150001121611100
基于16S rRNA测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析
Analysis of Microbial Community Composition on Sulfide Mineral Surface Based on 16S rRNA Sequencing and RT-qPCR
Authors:  黄珊珊马丽媛, 刘学端 and date: 04/13/2021, view: 2522, Q&A: 0
... 据报道，酸性矿山环境物种多样性相对较低，代表性优势类群约占微生物总量的90%，如既能氧化亚铁又能氧化硫的嗜酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)和硫化杆菌属(Sulfobacillus)，仅能氧化亚铁的钩端螺旋菌属 铁硫富集群落在黄铜矿浸出过程中优势属相对丰度在分别利用富铁少硫能源底物和富硫少铁能源底物驯化菌群(分别命名为Fe-O和S-O)进行黄铜矿浸出实验中，16S rRNA高通量测序结果表明，在各组中Acidithiobacillus 均为绝对优势属(＞60%)，在Fe-O群落浸出初期占比甚至高达99
细胞内融合基因技术 (epicPCR) 测定功能类群多样性
Diversity of Functional Microbes Detected by epicPCR Technology
Authors:  沈文丽王尚, 邓晔 and date: 04/27/2021, view: 3885, Q&A: 0
研究发现了十个新的硫酸盐还原菌门，并由此表明，环境中尚有大量的未知硫酸盐还原菌群类别。 在微生物总群落和硫酸盐还原菌类群中，变形杆菌、厚壁菌和拟杆菌是最主要的门，包括了最大比例的OTUs代表 (图3)。 微生物总群落和硫酸盐还原菌的α-多样性 (a) 与β-多样性 (b) 的对比按照epicPCR最初创始文章的方法，筛选出了120个高丰度的SRP-OTU (至少一个样本中为1%)，并对其构建了进化树以观察进化分化 可参见如下结果：通过对融合的16S rRNA加dsrB基
树木共生真菌菌株纯化及快速鉴定方法
Method for Purification and Rapid Identification of Tree Associated Symbiotic of Fungi
Authors:  韦焕深袁志林 and date: 05/11/2021, view: 3797, Q&A: 0
... 基于RPB2基因片段建立NJ进化树分析云南产气霉与炭角菌科相关类群真菌的系统发育关系 Bootstrap值> 50%显示在每个分支的节点上。 基于ITS基因片段建立NJ进化树分析云南产气霉与炭角菌科相关类群真菌的系统发育关系 Bootstrap值> 50%显示在每个分支的节点上 (袁志林，2010)。 Creosphaeria sassafras作为外群 (袁志林，2010)。 Muscodor与Xylaria和Nemania等属同属于炭角菌科的Xylarioid亚族
高级阶元分子系统发育研究未来创新的思考
Thinking on the Future Innovations in the Molecular Phylogenetics at Higher Category Levels
Author:  谢强date: 03/29/2021, view: 4407, Q&A: 0
... ，由于细菌整体的单系性（monophyly）是确定的，细菌与古菌或者说细菌与古菌+真核生物之间的姊妹群关系也是确定的，而细菌内部门与门之间的关系存在很大的不确定性。 那么，外群选取应该至少包括古菌每个门各1个物种（注意在此情况下得到的古菌内部的门与门之间关系未必可靠），如果对于直系同源分子标记的数量并不造成太大困扰的话，还可以再包括一些真核生物物种（注意在此情况下得到的真核生物内部的关系以及古菌与真核生物之间的关系未必可靠 如果要研究原生生物的内部关系，或者植物
影响系统发育分析的昆虫共生菌Wolbachia筛查及分型方法
Screening and Typing of Symbiotic Wolbachia that Affects Insect Phylogenetic Analysis
Authors:  赵紫苗方洁, 沈利, 蒋韦斌 and date: 06/11/2021, view: 2779, Q&A: 0
孔弄蝶属（加粗字体）与其他昆虫物种Wolbachia菌wsp基因和MLST基因序列共同构建的ML系统发育树。 序列比对 以宿主昆虫孔弄蝶为例，将测序获得的Wolbachia菌wsp基因、MLST序列与MLST数据库及NCBI数据库的同源序列进行比对并构建系统发育树，得到分型结果。图1. mtDNA) 是动物体内唯一存在于核外的遗传信息载体，共价闭合的环状分子，结构简单，进化速率快，母系遗传（但有少量双亲遗传的案例已被证实），是研究低级分类单元较好的分子标记，已被广泛应用于多种动物类群的种群遗传结构 二、W