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水稻根系互作功能微生物的筛选方法
Screening Method of Functional Microorganisms Interacting with Rice Roots
Authors:  赵金彤刘晓青, 韩东飞, 伍宁丰, 田健 and date: 04/27/2021, view: 3779, Q&A: 0
1.1土壤中功能微生物的筛选分离及纯化保存 1)土壤中功能微生物的筛选分离 称取3 g镉污染地区的农田土壤，将土壤样品放于已灭菌三角瓶中，加入50 ml已灭菌的0.9%生理盐水，用封口膜将三角瓶密封。 1.2水稻根系功能微生物的筛选分离及纯化保存1)水稻根际功能微生物的筛选分离及纯化保存 将水稻根系表面的土壤抖落，使用10 mM PBS缓冲液清洗水稻根系，清洗过程中将装有水稻样品的三角瓶放于30 ° 采用真菌18S rRNA基因鉴定引物和内部转录间
基于BIOLOG的微生物群落碳代谢功能分析
Analysis of Microbial Community Carbon Metabolism Function Based on BIOLOG
Authors:  陈瑞蕊俞冰倩, 张建伟, 林先贵, 冯有智 and date: 01/25/2021, view: 8530, Q&A: 0
农药污染对土壤微生物群落功能多样性的影响. 结果与分析近地层臭氧浓度升高对麦田土壤微生物碳转化功能的影响 (余永昌，2011) 我们利用Biolog ECO板，分析了近地层臭氧浓度升高 (O3-FACE) 4年后对麦田土壤微生物碳转化功能的影响 土壤微生物研究原理与方法. 高等教育出版社,170-171.余永昌. (2011). 近地层臭氧浓度升高对稻麦轮作农田土壤碳转化功能微生物的影响. Shannon指数H’，用于评估微生物
基于GraftM对功能基因进行物种注释
Taxonomic Classification of Microbes with a Given Function Based on a Specific Functional Gene
Author:  赵圣国date: 06/24/2021, view: 2992, Q&A: 0
功能微生物是指执行某一特定功能的一类微生物群体，比如产甲烷微生物、尿素分解微生物、氨氧化微生物、固氮微生物。与一般性微生物相比，功能微生物与生态位表型具有更直接的联系，更能反映出生态位的功能变化。 因此研究功能微生物多样性，对于解析生态位的功能机制具有重要意义。功能微生物多样性研究中，常对某些
猪肠道微生物的体外培养与功能研究
In vitro Incubation and Functional Study of the Pig Intestinal Microbiota
Authors:  伍师哲刘沫言, 宋庆庆, 张连华, 成艳芬, 朱伟云, 戴兆来 and date: 04/23/2021, view: 3026, Q&A: 0
本方法同样适用于单菌的用于功能研究的培养（所述“原代培养”，对单菌而言，为继代培养实验的首次批次培养步骤）。 所得反转录产物可用于组学分析和功能基因研究。代谢物的提取5.1将培养上清与-80 °C预冷的HPLC级甲醇1:1（v/v）混合，涡旋1 min。 2)取1 μl提取的总DNA样品测定浓度和纯度，用于后继微生物测序和定量分析。4.2RNA提取与反转录1)用500 μl DEPC水重悬离心获得的微生物沉淀或称取的肠道内容物样品/粪样。 微生物的体外培养3.1批次培养 注：使用完全合成培养基进行肠道
全球微生物组整体结构和功能的搜索
Taxonomic and Functional Search of Global Microbiomes on the Whole-Microbiome Level
Authors:  赵丰洋李坚, 荆功超, 苏晓泉 and date: 04/29/2021, view: 3385, Q&A: 0
微生物组样本需以OTU (Operational Taxonomy Unit)、物种 (species) 或KO (KEGG Orthology) 功能注释作为搜索输入。 实验步骤微生物组测序序列数据预处理 MSE 2可以从群落物种组成和功能组成两个角度进行搜索，兼容16S rRNA基因扩增子 (以下简称16S扩增子) 测序数据和鸟枪法宏基因组测序 (Shotgun Metagenomic 微生物组测序序列数据的预处理，根据测序序列类型和搜索模式，处理软件详见表1。 WGS序列推荐使用HUMAnN 2进行
利用GeoChip分析环境微生物功能基因群落结构
Analysis of Microbial Functional Gene Community Structure in Environmental Samples by GeoChip
Authors:  郭雪杨云锋 and date: 06/01/2021, view: 3119, Q&A: 0
三江源典型高寒草甸不同海拔梯度土壤微生物研究. 硕士学位论文. 青海师范大学谢建平. (2011). 功能基因芯片 (GeoChip) 在两种典型环境微生物群落分析中应用 的研究. 博士学位论文.
利用无菌植物和可培养细菌体系研究根系微生物组功能
Utilization of Axenic Plants and Cultivated Bacteria for Studying Root Microbiota’s Function
Authors:  徐浩然张婧赢, 曲宝原, 刘永鑫, 白洋 and date: 04/27/2021, view: 3637, Q&A: 0
本文提供了使用无菌植物和可培养细菌体系研究根系微生物功能的实验思路及方法，此方法可以用于研究植物和微生物组间的相互作用。 因此，研究根系微生物组与植物间的关系有着重要价值。生态学方法通常直接研究植物与根系微生物的整体，这对于揭示自然环境中微生物组的组成结构等至关重要。 而相比之下，使用将微生物组成员的个体或集合接种至无菌植物的还原法思想则可以规避一些不可控变量，将微生物组和植物间的互作分解为可控变量如接种的微生物种类、植物种类及基因型
使用Meta-Apo对16S扩增子的微生物组功能信息进行校正
Calibration of 16S-amplicon-based microbiome function by Meta-Apo
Authors:  张明乾张文科, 荆功超, 苏晓泉 and date: 06/01/2021, view: 3455, Q&A: 0
Meta-Apo的计算过程5.1训练 每个微生物群落的功能由一系列代谢功能 (例如KEGG Orthology；KO) 及其相对丰度组成，如等式 (2) 其中kfunction i代表功能 我们首先比较了622例配对的人体微生物组功能谱 (数据集1；来自四个身体部位：肠道，皮肤，口腔和生殖道；表4) 来评估两种测序策略之间的差异程度。 通过对少量成对的WGS：16S扩增子样本进行训练来校正微生物组扩增子样本的预测功能图谱前期工作中，通过比
反刍动物消化道微生物CAZymes基因资源的挖掘与功能分析
Mining and Functional Characterization of CAZymes Derived from Gastrointestinal Microbiota in Ruminants
Authors:  王谦王佳堃, 孙小宝, 曹佳雯 and date: 03/25/2021, view: 3021, Q&A: 0
cDNA合成：以消化道微生物总RNA为模板，逆转录合成cDNA，反应体系与条件如下：Random Primer (25 pmol/μl)1 μl总RNA~1 μg加RNase Free Water至12 ，筛选出能够比对到纤维素酶家族功能域的序列作为后续研究对象 (王谦, 2012；He et al., 2019)。 将所有预测ORFs的氨基酸序列与Pfam数据库 (version 4.0) (http://pfam.xfam.org/search#tabview=tab0) 在线比对，分析结构域，进一步预测其蛋白功能 search#tab
根系分泌物调控土壤微生物群落结构和功能的研究方法
Effects of Root Exudates on Mediating Composition and Function of Soil Microbiome
Authors:  杨天杰王震, 谷益安, 韦中 and date: 03/25/2021, view: 6227, Q&A: 0
为避免模拟根系分泌物直接影响番茄生长和青枯病发病率，将模拟根系分泌物外源添加到未种植植物的混匀土壤中，并检测无植物体系下，模拟根系分泌物添加后对土壤微生物组成、细菌总量以及青枯菌总量的影响。 50%叶面积枯萎3)51-75%叶面积枯萎4)76-100%叶面积枯萎4.2病情指数= [ ∑ (各级病株数×相应病情指数) / (调查总株数×最高病情指数) ]