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基于DNA宏条形码的水体浮游细菌群落测序建库方法
Library Construction for DNA Metabarcoding of Bacterioplankton Communities in Waters
Authors:  肖鹏续子杰, 杨军 and date: 04/27/2021, view: 2381, Q&A: 0
浮游细菌的PCR扩增2.1将提取好的环境样品DNA进行分组建库，30个样品建一个库，样品编号ID和顺序提前记录在实验记录本上。 将合成好的引物放入离心机中，14,000 × g离心3 min，在超净工作台中将引物用无菌去离子水稀释到10 μM的浓度 (超净工作台应提前按步骤1中的方法灭菌)，使用1.5 ml无菌离心管，将正反引物分别取 5.3测定完一个库的30个样品的DNA浓度之后，若库中样品最低浓度小于4 ng/μl，需要将相应低浓度的样品重新进行PCR扩增与纯化后，再定量。 然后浓度
基于DNA宏条形码的水体微型真核生物群落测序建库方法
Library Construction for DNA Metabarcoding of Microeukaryotic Communities in Waters
Authors:  莫媛媛马国琳, 薛媛媛, 杨军 and date: 04/23/2021, view: 3594, Q&A: 1
即以浓度最低样品的混库体积14 μl为标准，计算其他样品的混库体积，具体计算方法为DNA总量÷样品的DNA浓度。 微型真核生物群落建库中所用的引物序列信息，以18S rRNA基因V9区为例3)将存放于?40 °C冰箱的PCR引物取出，置于离心机进行离心，条件为14,000 g离心3 min。 6.4提前在实验记录本上写好每个库的样品编号，每测一份样品，立刻记录其浓度。测定完一个库后，若库中样品最低DNA浓度小于4 ng/μl，则需将低浓度的样品重新进行
Cas-16S-seq：利用CRISPR/Cas9靶向消除16S-seq中高丰度植物序列的方法
Cas-16S-seq: Using CRISPR/Cas9 to Eliminate Abundant Plant Sequences in 16S-seq
Authors:  宋露洋谢卡斌 and date: 04/13/2021, view: 2957, Q&A: 0
Cas-16S-seq建库方法 (Cas9+)和常规16S-seq建库方法 (Cas9-)，#1-#3代表的是三个生物学重复，*代表水稻线粒体799F-1193R的扩增子序列。 CRISPR/Cas9靶位点 (即gRNA设计) 分析流程图从公共数据库下载高质量的原核生物16S rRNA基因序列。 注：在分析cp-gRNAs特异性时，需要注意RDP数据库中含有叶绿体序列，可分析过程中可以把RDP中叶绿体序列排除在外。 二轮扩增产物利用上述“16S rRN
基于高通量测序的全长DNA条形码获取方法
Methods for Obtaining Full-length DNA Barcodes Using High-throughput Sequencing
Authors:  杨琛涛周程冉, 刘山林, 周欣 and date: 08/25/2021, view: 5283, Q&A: 0
PCR产物质量检测合格后，选取一份混合产物送至测序公司进行建库与测序。建库插入片段为250 bp小片段。 以上三种方法相互独立，测序及分析策略不同，但是在前期样品准备，DNA提取和PCR操作等方面基本一致，所以在此操作手册中，我们将三种方法的实施步骤及相关比较纳入其中，方便研究者选择合适的建库测序平台和后续的分析方法 在完成PCR产物的混合后，可选择一种平台进行后续的建库测序。 选取一份扩增产物混合
细菌转录组分析样品制备方法
Sample Preparation for Bacterial Transcriptome Analysis
Authors:  武迎春郝光飞, 韩东飞 and date: 04/13/2021, view: 4314, Q&A: 0
相比较固定投入量，固定酶切时间的TN5建库，酶切法建库适用500~1 μg，满足个性化建库。 其次，建库流程精简。一步完成片段化、末端修复、加A、纯化等。 末端修复加A (30 min)-接头连接 (15 min)-纯化、分选 (30 min)-文库扩增 (15 min)-纯化分选 (30 min)，常规建库预计耗时约2 h， PCR-free建库预计耗时 九、 若所测cDNA文库
R-ChIP: 利用失活RNase H1来构建全基因组范围内 R-loop图谱的文库
R-ChIP: Genome-wide Mapping of R-loops by Using Inactive RNase H
Authors:  江翱张显红, 周宇, 陈加余, 陈亮 and date: 09/15/2022, view: 2196, Q&A: 0
... 该方法相较于依赖S9.6抗体建库的方法更加真实的反映了体内R-loop的分布，将分辨率提高到200-300 bp，并且链特异性建库的方法可以获得链方向性的信息从而判断转录方向。 该类方法的原理是利用S9.6抗体特异性识别R-loop的特性，在体外富集限制酶消化后的基因组片段，并对富集到的R-loop结构进行建库及高通量测序。 R-ChIP便是通过在体内过表达RNase H1 D210N突变体，由其靶向杂合链结
基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
High-throughput Sequencing-based Method for Characterizing Biodiversity of Arbuscular Mycorrhizal Fungi
Authors:  付伟武慧, 陈保冬 and date: 04/22/2021, view: 6471, Q&A: 0
因此须自行根据MaarjAM建库，建库格式请参考DADA2官网。 PCR产物经纯化、混样 (等摩尔浓度)、建库后，使用Illumina MiSeq PE300进行双端测序，测序深度建议大于10,000条reads。扩增与测序也可交由测序服务商进行。 如使用DADA2中的朴素贝叶斯分类算法 (Naive Bayesian classifier)，可使用Sliva 18S数据库，但是本数据库并不是AM真菌的专一数据库，比对效果不及Maar
微生物组的定量宏基因组学和定量宏转录组学方法
Quantitative Metagenomics and Metatranscriptomics Methods of Microbiome
Authors:  黄昕瑜张璐, 袁凌, 鞠峰 and date: 04/13/2021, view: 6211, Q&A: 1
这个添加时间点考虑了破胞后DNA和RNA提取、建库过程中造成的核酸损失，可以用来计算基于样品体积、质量或生物量的基因或转录本绝对拷贝数。 注意：如果研究的重点是小RNA或短转录本，则可以缩小内标的长度；高GC的核酸片段更容易形成二级结构，在常规建库过程中难以被扩增，难以被打断，其最终的测序丰度信息往往会受此影响而偏低。 150）的测序策略在Illumina的Hiseq4000平台上对构建的DNA和cDNA文库进行测序（实际测序策略和测序平台的选择并不局限于本文示例，可根据实际实验需求对添加完内标的DNA和cDNA文库选择
秀丽隐杆线虫小RNA提取与多磷酸修饰处理
Extracting and Sequencing of Small Interfering RNAs in Caenorhabditis elegans
Authors:  曾陈明翁晨春, 朱成明, 光寿红 and date: 09/15/2022, view: 1351, Q&A: 0
... 22G RNA长为22 nt，5’末端为G且具有三磷酸修饰，使得该RNA并不能直接建库测序。 对这一类22G RNA进行测序时，需要将RNA的5’末端的三磷酸处理为单磷酸结构，进而进行建库测序(Ruby et al., 2006; Gu et al., 2012)。 使用CIAP和T4 PNK处理，可以对三磷酸修饰的小RNA后续的建库和测序。材料与试剂一、一次性耗材Billi, A. C., Fischer, S. E. and Kim, J. 溶液送测序公司，每个RNA样品3μ